白颊长臂猿Fosmid基因组文库的构建

来源 :中国科学院昆明动物研究所 | 被引量 : 0次 | 上传用户:shiguangli010
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长臂猿和大猿、人类同属人猿超科,在许多生物学特性方面具有相似性,但是自与大猿的祖先分歧以来的约两千万年的时间里,长臂猿染色体进化速度快于人猿超科其他物种和其他灵长类物种,出现了高度重排的核型。利用长臂猿染色体特异涂色探针已在人的染色体上探测到至少80个染色体断裂位点(synteny breakpoint),但是由于染色体荧光原位杂交技术的分辨率太低,仅有约SMB,所以迄今无从了解同源断裂位点两侧的序列特征,也就无法揭示长臂猿染色体快速重排的分子机制。   本论文旨在构建一个长臂猿Fosmid文库,以便为揭示长臂猿染色体快速进化的分子机制奠定基础。我选择了核型高度重排,且在长臂猿属中二倍染色体数目最多(2n=52)的代表物种——白颊长臂猿为材料,构建了一个白颊长臂猿Fosmid基因组文库。该文库含有192000个克隆,插入片段在30kb-45kb之间,假定白颊长臂猿的基因组大小按3.4×106kb计算,该文库至少有2.5倍的基因组覆盖率。通过对100个随机挑选的Fosmid克隆进行末端测序,获得了200个序列标签。将这100个经未端测序的Fosmid克隆与人的基因组进行BLAST比对以及将这些克隆制备成探针与白颊长臂猿和人的染色体中期分裂相进行荧光原位杂交(FISH),得到了这100个克隆在人基因组上的精确定位以及其中97个克隆在白颊长臂猿基因组上的精确定位,同时在这100个克隆中没有发现嵌合体克隆的存在。该文库以及所定位的克隆将为研究长臂猿以及其他高等灵长类染色体进化分子机制奠定基础,同时也为非人灵长类的比较基因组研究提供一个宝贵的资源。
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