黄萎病(Verticilliumwilt)是世界性的棉花重大病害，严重威胁和阻碍着棉花生产的发展。我国是世界上的产棉大国，棉花生产对国民经济的发展具有重要的影响，而我国棉花生产一直受枯、黄萎病的制约，尤其是黄萎病对棉花生产的影响最为严重。因此，如何防治棉花黄萎病成为我国棉花生产上亟待解决的一个问题。利用抗病品种无疑是一种经济、有效、环保的措施，而培育抗病品种首先要明确抗病机制和寻找高抗黄萎病的基因。日益发展的分子生物技术为研究棉花抗病基因提供了有力的工具，也为棉花抗黄萎病分子育种提供了新的基因来源。 在本研究中，为了研究陆地棉接种黄萎病菌后抗病相关基因的表达情况，我们利用抑制差减杂交的方法构建了陆地棉抗病品种冀棉20在黄萎病菌诱导下的cDNA文库。以接种黄萎病菌后8h、12h、24h和48h的材料为试验方，以不接菌的对照材料为驱动方构建SSH文库。所构建SSH文库中共保存了800个阳性克隆，片段大小平均为400bp。随机挑选20个阳性克隆进行测序，将获得的EST在GenBank上用BLASTn和BLASTx软件对其进行序列同源性比对。结果表明20条EST都可以找到功能已知的同源序列，其中在BLASTn比较结果中，功能已知的有12条，占全部EST的60﹪，BLASTx的比较结果中有14条功能已知，占全部EST的70﹪。将序列与GenBankdbEST库进行比对，发现绝大多数EST都可找到同源性较高的cDNA，而且这些cDNA都来自于植物在生物与非生物胁迫条件下特异表达的cDNA文库。 在可以找到同源序列的EST中根据BLASTx和BLASTn的结果以及Beavn对拟南芥的分类标准进行了功能的分类。在所获得的棉花黄萎病菌诱导表达的基因中，已知功能的同源基因涉及到多种抗病防御反应的代谢物质及信号传导途径。如：B9号序列和A21号序列与丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶同源，4号序列与谷胱甘肽-S-转移酶同源，16号序列与ACC氧化酶同源，10号序列与抗病反应相关基因家族蛋白同源等。这些同源基因涉及到R基因介导的信号传导途径，水杨酸介导的信号传导途径，茉莉酸和乙烯信号传导途径，植物保卫素的合成与细胞壁修饰等。通过对本试验中的基因表达分析可以看出，一些信号传导类，转录因子类，次生代谢类，以及细胞结构类基因在多种植物材料和多种胁迫诱导中均有表达。这表明了植物对于外界环境胁迫的基础防御机制的一致性。最后，针对本研究中筛选出的部分抗病基因，对棉花抗黄萎病可能的分子机制进行了初步的探讨。