随着生物信息学的发展,大量的蛋白质需要进行分析。但对于许多蛋白质序列,人类并不清楚它们之间的进化关系,也不清楚它们所具有的生物学功能。这就需要对蛋白质进行序列比对以确定它们的进化关系,以及预测它们的生物学功能。　　 本文首先介绍了在生物信息学中广泛应用的几种蛋白质序列比对方法,并对他们的特点进行了总结。然后给出了蛋白质序列比对的谱方法,并将谱方法和BLAST方法在比对精确度上进行了比较。　　 在谱方法中,对于两条待比对的序列,首先根据它们各自的相关序列计算出两个谱；然后对这两个谱进行比较,得出一个关系矩阵；再根据关系矩阵,采用动态规划方法求出这两条序列的比对结果；最后,根据比对结果评价这两条序列的相关性。实验数据表明,在待测蛋白质序列长度较长时,谱方法的比对精确度比BLAST方法有较明显的优势。