基于RNa-seq的‘细榧’高含油量分子机制初探及SSR标记开发

来源 :浙江农林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jackyddd
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
香榧是榧树中优良品种的统称。‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)是香榧的一个优良品种。研究发现,‘细榧’成熟果实中含有53%左右脂肪酸,其中不饱和脂肪酸含量达到了78%,榧子香脆可口,具有极大的商业价值。本文以含油率低的‘圆榧’作为对照,通过荧光定量PCR研究影响‘细榧’脂肪酸合成关键基因的表达量,并克隆得到了3个与脂肪酸合成相关基因的cDNA序列:KAS1、FAD2-2、GPAT6。另外,基于榧树转录组数据,开发了16对SSR引物。为今后研究‘细榧’高含油率的分子机制、分子标记辅助育种奠定一定的基础。本研究的主要研究结果如下:  1、为研究‘细榧’种仁脂肪酸合成的分子机制,以‘细榧’和‘圆榧’种子为材料,利用qRT-PCR技术检测17个与脂肪酸合成相关基因的表达量。结果表明:经qRT-PCR验证的10个基因与RNA-Seq结果具有相似的表达模式;同一基因在‘细榧’与‘圆榧’中的动态变化规律相似,但在‘细榧’与‘圆榧’间的相对表达量差异较大;‘细榧’种仁中,KAS1基因持续上调表达加快了C16脂肪酸向C18脂肪酸转化,同时FAD2-2基因的上调表达促进了不饱和脂肪酸的合成,结合前期脂肪酸组分变化,推测‘细榧’中不饱和脂肪酸高于‘圆榧’是由KAS1基因和FAD2-2基因的共同作用;根据转录组数据与定量实验,推测KAS1、GPAT6、FAD2-2基因是促进脂肪酸的合成的关键性基因。  2、以‘细榧’种仁为实验材料,基于榧树转录组数据,克隆得到KAS1、FAD2-2、GPAT6的cDNA序列。测序所得到的KAS1cDNA序列,全长1574bp,编码492个氨基酸;FAD2-2cDNA序列,全长1131bp,编码376个氨基酸;GPAT6cDNA序列,全长1476bp,编码491个氨基酸。‘细榧’中的KAS1、GPAT6基因编码的蛋白质与北美云杉中的KAS、GPAT基因编码的蛋白质具有较高同源性,而‘细榧’中的FAD2-2基因编码的蛋白质与银杏中的FAD2相似性高。  3、统计分析榧树转录组数据,‘细榧’和‘圆榧’种子转录组测序共获得142,213条Unigenes,其中大于1kb的Unigene有22,976条(序列总长约51,784,615bp),利用MISA软件对筛选得到的1kb以上的Unigene做SSR分析,发现其中4548条Unigene序列中包含5458个SSR位点,随机选取49对引物对榧属植物进行多态性扩增,其中16对引物能成功检测出多态性,各个位点的等位基因介于2-6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.46,0.28和0.50。转录组数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物,且具有良好的通用性。
其他文献
【摘要】课改以来,在小学语文教学中倡导“小组学习”模式,培养学生的“合作精神”,加强生生之间的交流,进而,为学生健全的发展奠定坚实的基础。所以,为了促使学生获得全面的发展,也为了提高语文课堂的效率,在课改下,我们要充分发挥小组学习模式的价值,要充分发挥学生的主动性,使学生在互相交流、互相讨论中掌握基本的语文知识,提高语文能力,同时,也为学生健全的发展奠定坚实的基础。  【关键词】小组学习 小学语文
随着长株潭“两型社会”建设进程的不断推进,如何监测“两型社会”建设发展动向并对现阶段所取得的成果进行正确评价已成为一个亟需解决的难题。中共十大报告指出要大力推进生
在戴尔卡耐基说:“当今社会,一个人的成功,仅仅有15%取决于专业知识和技术,而其余85%则取决于口才艺术。”由此可见,口才多么重要。随着社会经济的飞速发展,就业竞争的日趋激烈,职场对人才口语表达能力的要求越来越高,因而口语交际能力也越来越受到重视。在高职院校的语文教学中口语训练课也越来越重要,成为高职院校语文教学必不可少的重要内容。如何设计口语训练课就成为了突出的问题亟待解决。口语训练,重点在“说
大凡学生,都知道教师职业是太阳底下最光辉的,教师是我们最可爱的人。他们传道,授业,解惑,待人真诚。当今社会,大肆提倡素质教育,旨在挖掘我们的潜力,启发我们的创新精神,发
【摘要】根据中共中央国务院《关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见》“以大学生全面发展为目标,解放思想、实事求是、与时俱进、坚持以人为本,贴近实际、贴近生活、贴近学生,努力提高思想政治教育的针对性、实效性和吸引力、感染力”核心精神。结合“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”课堂教学的现状,笔者就深度化教学进行初浅的探讨。  【关键词】毛泽东思想 中国特色社会主义理论体系 深度化 探析 
【摘要】结合高校思想政治理论课实际,在明确了情感、激励、情感激励、正向情感激励、逆向情感激励、情感激励教学策略的基础上,进一步探讨了思想政治理论课与情感激励教学策略的应用问题。集中对逆向情感激励教学策略在思想政治理论课应用的必要性可行性、逆向情感激励教学策略应用的原则方法等问题进行了较深入的探索研究。  【关键词】思想政治理论课 情感激励 逆向激励 应用的原则方法  【基金项目】本文系天津市“十二
淤地坝是小流域综合治理的重要水保工程措施之一,既可以增加耕地面积、提高农业生产力,又可以防止水土流失。上世纪70到80年代由于当地砂石料缺乏,建设经费不足,陕北靖边、定
截止2008年底,中国耕地面积为18.26亿亩,人均耕地面积仅为1.37亩,不足世界平均水平的40%,而且目前耕地面积仍在减少。有限的耕地面积和巨大的人口基数依然是中国农业紧绷的一
【摘要】新课标中提出了情感教学的目标,情感教学不仅影响了教学效果,也影响了学生的学习质量,对于整个教学具有重要的意义。作为中专政治教师,一定要充分认识情感教学在日常教学中的作用,提高教学质量。本文首先论述了情感教学在中专政治教学中的价值,提出了中专政治教学中如何实施情感教学的策略。  【关键词】中专政治教学 情感教学 实施策略  【中图分类号】G71【文献标识码】A 【文章编号】2095-3089
【摘要】针对职业教育的热度逐年升温,迎来难得发展机遇,临沂市兰山区职业中等专业学校以创建省规范化中职学校为契机,走出了一条内涵发展、科学发展的道路,并着力强化技能教学,提升人才培养质量;创新德育教育,有教无类滋润心灵;落实中职升学,铺路架桥助圆梦想。学校先后荣膺“临沂市职业院校技能大赛团体一等奖”、“特别贡献奖”,并被确定为“全省教育信息化试点单位”、“全省中职学校基础能力提升项目建设学校”。