正常肠道、癌前病变、结直肠癌相关微生物组学比较分析

来源 :昆明理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kaixinlfy
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目的:结直肠癌是常见的消化系统恶性肿瘤,在中老年中有较高的发病率。不仅发达国家的结直肠癌发病率较高,如今东亚、东欧等曾经低风险地区的发病率也正在迅速增加。结直肠癌通常由结直肠腺瘤性息肉缓慢发展而成。传统的观念认为,结直肠癌是由于累积的遗传和表观遗传突变所引起的恶性细胞增殖,但越来越多的证据表明肠道菌群在结直肠癌的发生发展过程中起着重要的促进作用。2012年Tjalsma等人提出了结直肠癌发生发展相关细菌的Driver-passenger模型,在该模型中,Driver和Passenger细菌在促进上皮细胞转变过程中发挥着不同的作用。本研究采用新兴的分子技术手段,探究中国人群结直肠癌相关肠道菌群的结构和组分的变化,鉴定与结直肠癌发生发展相关的肠道核心菌群,并依据模型对结直肠癌相关肠道菌群潜在的Driver和Passenger细菌进行初步研究。方法:本研究收集了28份位置匹配的活检标本,其中包括正常肠道组织样本(11=10),肿瘤组织样本(n=8),以及腺瘤组织样本(n=10)。提取所有样本的细菌DNA,通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)进行扩增,采用高通量的454测序技术进行细菌16S rRNA基因测序分析,鉴定细菌OTU;结合统计学分析和网络分析等技术手段,分析、比较和鉴定样本的细菌组分、群落结构以及核心菌群。结果:本研究共得到了100276条高质量的16S rRNA基因序列,样本平均序列数为3581±408(S.E.)(n=28)。基于97%的序列相似性(细菌物种水平),研究共鉴定了8130个OTU,样本平均OTU数为290±16(n=28)[物种覆盖度(Good’s Coverage):95.2 ±0.70%]。通过PLS-DA和PCoA分析,我们观察到,28份样本中的健康与疾病状态的结构性分离存在显著差异。通过统计学的分析方法,研究初步鉴定7个细菌类群为潜在driver细菌,12个细菌类群为潜在passenger细菌(其中7个细菌类群具有潜在的促炎作用,5个细菌类群具有潜在的抗炎作用,其可能作为益生菌存在于肠道中)。通过共发生网络分析三个细菌类群分别聚类,且Diver细菌与促炎的Passenger细菌呈正相关,而与抗炎的Passenger细菌呈负相关。结论:本研究采用高通量的二代测序的方法(454焦磷酸测序),通过分析肠道细菌的16S rRNA基因,揭示了不同结直肠癌发展阶段肠道细菌群落的多样性和结构组分的基本特征,明确了在肿瘤的不同发展阶段其表面黏膜附着的肠道菌群也存在差异。同时研究进一步鉴定了与结直肠癌的发生发展密切相关的潜在Driver细菌和Passenger细菌,Driver细菌的鉴定对于未来结直肠癌的早期干预和防治具有重要意义,Passenger细菌的鉴定对于结直肠癌的诊断以及个性化治疗具有重要的参考价值。
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