土壤细菌16S rRNA基因V3区种属特异性检测的法医学应用研究

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前言人类以各种形式研究土壤并将其应用于案件调查已有上千年的历史。在法医学领域,土壤被作为和案发现场有关的可疑物证,以前主要是基于地质学特征加以区别。但案件中所涉及的土壤样品大多微量,制约了土壤这一重要物证在法医学上的广泛应用。随着分子生物学技术的快速发展,拓展了人们对土壤微生物的认识,对土壤微生物群体DNA多样性研究日益增多。微生物是一群体形微小、结构简单、低等生物的总称,与其他环境相比土壤中的微生物数量最大,种类也最多。生活在土壤中的微生物由于营养和生态位点的竞争、相互影响和制约,形成了一个动态平衡的土壤微生物群落。土壤微生物不仅是土壤中物质循环的驱动力,其代谢物也是植物的营养成分,其活动能直接影响到土壤的物理、化学性质。不同地点土壤样品间的微生物群体,由于土壤成分及周围环境差异,其种类和数量呈现出明显的多样性。因此对微量土壤检材进行微生物检测,有着重要的法医学应用前景。目前在生态学和环境科学的研究领域,关于土壤微生物尤其是土壤中微生物多样性的研究越来越受到重视。大量的实验研究表明,在蛋白质、DNA和RNA等可被看作是分子计时器的生物大分子中,最适合于揭示各类生物亲缘关系的是rRNA,尤其是16S rRNA。核糖体16S rRNA(16S rRNA)基因是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列,它集保守性与变异性于一身,是目前应用最广的分子微生物学检测的靶基因。目前,国内法医学领域尚无关于土壤细菌16S rRNA基因方面的相关研究。本研究拟采用变性梯度凝胶电泳技术以土壤微生物群体的基因组DNA为研究对象,通过比较不同土壤中各种微生物的16S rRNA基因信息了解微生物的多样性,初步判断土壤样品的来源,进而为解决微量土壤物证检材检测开拓一种新的途径。具体研究思路如下:以CTAB、溶菌酶和蛋白酶K裂解细胞,用PEG 8000沉淀和纯化DNA,直接对土壤微生物总DNA进行提取,选择特异性引物F357GC和R518对16S rDNA V3区进行扩增,PCR产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)进行分离后,得到不同数目的电泳条带。通过对电泳条带位置及数量的比较,初步判断土壤样品的来源。材料与方法1、随机选取两个采样点(A、B)分别取地表、距地表10cm、20cm、30cm四个深度不同量的土壤样本(300mg、200mg、100mg、80mg、60mg)。2、采用CTAB-溶菌酶-蛋白酶K-冻融裂解法对土壤样本总DNA进行提取,用PEG8000沉淀和纯化DNA。3、选择特异性引物F357GC和R518对土壤细菌16S rDNA V3区进行扩增。4、采用紫外分光光度计与琼脂糖凝胶电泳对DNA进行质量检测。5、采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和变性梯度凝胶电泳(DGGE)对扩增产物进行检测分析。结果1、采用紫外分光光度计对待检土壤样品进行检测,其OD260/280均分布在1.5~1.68之间。2、琼脂糖凝胶电泳显示,扩增产物片段长度在230bp左右,是目的片段。3、经PCR-DGGE检测可以初步判断土壤样品的同一性。结论PCR-DGGE技术能够对土壤样品中不同细菌16S rDNA V3区的DNA扩增片断进行分离,初步判断土壤样品的来源。它是一种有效的微生物多样性研究技术,并可初步应用于法医学领域微量土壤检材的检测。
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