近年来，手足口病发病率在我国正逐年上升，重症病例和死亡人数也相应增多，严重危害广大少年儿童的身体健康。手足口病目前尚无有效的疫苗和治疗方法，因此监测手足口病的流行扩散趋势显得尤为重要。　　 本研究首先建立了一套HFMD nRT-PCR检测系统，包括总EV、EV71、CA16三套检测引物。总EV扩增区段位于5’UTR区，具有一定变异性，可通过测序确定病毒的进化地位；EV71、CA16扩增区段位于VP1区，可部分代替传统的VP1全长测序。对该方法进行的性能研究，证明了该方法具有较好的灵敏度，特异性和可重复性，适用于HFMD流行病学监测。　　 本研究调查了厦门地区2009年HFMD的流行情况。结果显示，2009年厦门地区手足口病发病率约为1.19‰，男女比例为1.65:1。年龄最小者0.1岁，最大者38岁，其中0.5-4岁儿童占88.9％。地区分布方面，厦门岛内送检样本占62.87%，岛外送检样本占37.13%。主要流行时间为4-8月。　　 本研究连续监测了厦门地区2008年第四季度至2011年第一季度HFMD病原谱变化情况。结果显示，厦门地区主要流行的HFMD病原包括CA16、EV71、CA6三种病毒。其中CA16是2009年的主要流行株，2010年之后所占比例下降；EV71的比例在2010年达到高峰，之后下降；CA6在2011年成为主要流行株。此外，在研究中发现一株EV71-B5亚型病毒，这也是中国大陆地区首次发现的EV71-B5病毒。　　 对HFMD相关的主要肠道病毒进行分子进化分析，结果显示除上文提到的EV71 B5亚型外，厦门地区流行的EV71均可归入C4亚型中的a亚型。EV71在2008年之后的理论感染数量明显升高。厦门地区的CA16属于B1亚型。CA16 B亚型的理论感染数量自1995年之后呈缓慢增长的趋势。厦门地区CA6包括两个分支：一支与芬兰毒株进化关系较近，一支与日本毒株进化关系较近，揭示了该地区CA6的两种可能起源。厦门地区CA10仅包括一个分支，与山东株GQ214173关系较近，可能最初是由此株传播而来。厦门地区CB3仅包括一个分支，且与中国大陆地区报道的流行株在同一分支上，说明厦门地区CB3主要从内陆传播而来。