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杜仲为雌雄异株木本植物,具有重要的药用价值与经济价值。杜仲的利用价值因其植株性别而异,包括杜仲胶等次生代谢产物在雌雄植株中均存在差别,而从形态学和细胞学方法在杜仲开花前难辨别雌雄株性别,需要7年以上开花后才能确定。为了加强对杜仲资源的有效保护和可持续利用,深入分析杜仲遗传多样性研究、遗传结构和鉴别杜仲雌雄株性别,本研究基于杜仲雌雄株转录组数据库研究开发了SSR标记,取得如下研究结果:1杜仲雌雄株转录组数据库中SSR发掘及特征分析基于杜仲雌雄株转录组数据库Unigenes序列,利用MISA软件进行SSRs序列查找及其特征分析,发掘了74 230个SSR位点,分布在61 629条Unigenes中,占总Unigenes的33.99%,其中,1224 bp长度的重复基序最多,基序重复次数以1115次居多;重复基序种类主要以一、二、三重复基元类型为主,占总数的98.6%,其中出现最多的3种重复类型分别为:A/T（73.16%）、AG/CT（10.91%）、AAG/CTT（1.14%）。2优化杜仲SSR-PCR反应体系采用L9（34）正交试验设计优化SSR-PCR反应体系,获得的最优SSR-PCR体系为:20μL体系中含2×Premix Taq酶(0.05μmol·min-1·μL-1)10μL、DNA模板(25 ng·μL-1)1μL,引物(10μmol·L-1)0.5μL,以ddH2O补足。3引物筛选及有效性检测用1份杜仲资源检验引物扩增效果、优化各引物的扩增条件,从210对引物中筛选获得140对引物,成功用于杜仲基因组PCR的有效扩增,占66.66%,进一步以9个地区的10份杜仲资源,检验上述引物多态性,最终获得15个稳定、可重复的多态性SSR位点,上述位点共检测到57个等位基因,平均每个位点包含3.8个等位基因,杂合度（Ho）为01.0,期望杂合度（He）为0.280.78,多态信息量（PIC）为0.260.70,平均值为0.44。经测序验证,该15个SSR位点都含有预期的重复基序序列。4贵州杜仲栽培群体遗传多样性及亲缘关系的SSR分析本研究应用15个SSRs标记分析了贵州杜仲栽培群体的遗传多样性及亲缘关系,12个群体295个体共检测到76个等位基因,每个位点的等位基因数为3-10,其均值为5.067;每个群体的等位基因数na、期望杂合度He、Shannon指数I的平均值分别为4.011、0.533和0.996,多态位点百分率PPL除LL群体和QNY群体为93.3%外,其余10个群体的PPL都为100%,说明贵州杜仲群体具有较高的遗传多样性;湄潭群体MT和龙里群体LL的固定指数（F）平均值为负值,其余都为正值,表明群体内的杂合子缺失,群体内存在近亲繁殖现象;群体间的遗传分化系数FST为0.0660,遗传变异主要分布在群体内;UPGMA聚类分析发现,聚类分组并未按地区位置而聚类,这可能是在栽培过程中人为选择的结果,贵阳花溪群体与其他11个群体的遗传距离最大,兴义群体和仁怀群体的遗传距离最近。本研究为杜仲的遗传保护、种质资源收集提供建议。5杜仲雄性特异标记的开发利用来源于7个产地的杜仲雌雄植株各6份DNA样品筛选引物,PCR扩增获得具性别差异的扩增产物,将扩增产物进行克隆及序列分析,应用雌雄植株各12份DNA样品检验性别标记的可靠性。从140对EST-SSR引物中筛选出一对引物EST-Eu059,在雌、雄植株中产生差异条带,雌、雄植株均有一条约160bp的序列（分别命名为Eu-f160和Eu-m160）,而雄株多一条约120 bp的序列（EuMSM）,序列分析发现,Eu-f160与Eu-m160均为156bp,具有重复单元（GT）6,且仅有1个碱基不相同,即雌株重复单元内第3个G碱基变成了A,可能发生了突变;EuMSM为112 bp,缺失了（GT）6重复单元。经Blastn比对,EuMSM序列与GenBank数据库中的序列没有同源性。用杜仲雌、雄植株基因组DNA各12份进行验证表明,在所有雄株中都有一条雄性特异序列。