当今时代,生物信息学研究受到越来越多的关注,在生物信息学多个研究领域中,林木基因组是非常重要的研究方向之一。林木基因组在新一代高通量测序技术基础上,测序产生了海量的基因组数据信息。面对越来越多的基因数据,如何有效地从基因序列中收集信息,从而解决生物学问题是当前热门的研究方向。本文在林木基因组已有的研究基础上,从基因组数据库中获取到多种林木基因组数据,完成基因序列处理,序列数据的序列比对和多序列比对等,基于基因组序列数据信息进行林木物种系统发育学研究,分析林木基因组的进化过程。本文的主要研究内容包括:（1）在当今林木基因组和系统发育研究基础上,从NCBI、Plant GDB、Pla Bi Database等常用的林木基因组数据库中,获取35种林木的基因组数据。统计和分析了基因组数据序列检测、序列比对等数据处理方法,采用基因数据处理方法对林木基因组数据进行处理,使用系统发育学方法研究林木基因组数据,根据多序列比对结果构建系统发育树,在遗传距离和同源性分析基础上研究林木基因组进化过程。（2）通过基因组研究分析了林木基因组进化差异。基因序列的差异表达会改变蛋白质功能结构,通过分析蛋白质序列差异研究基因序列差异以及基因组进化过程。本文提出了一种林木膜转运蛋白质识别方法FMP-SVM,提取蛋白序列的位置特异性矩阵,并从中获取特征数据,对特征数据进行处理,使用SVM-RFE-CBR算法对特征降维,选出最优特征子集,特征数据子集用于训练构建蛋白识别模型,并进行独立测试模型评估。本方法相较于其它分类方法,能有效地识别林木膜转运蛋白质。（3）在林木基因组研究的基础上搭建了林木基因组浏览器,用于林木基因组数据的管理与可视化,实现了基因组序列、基因组信息、序列比对结果等基因组信息的可视化,实现了可视化分析林木基因组信息,研究林木基因组进化。综上所述,本文主要通过系统发育学方法研究林木基因组进化间差异,分析林木基因组进化关系。提出了一种林木膜转运蛋白识别方法,基于蛋白差异分析基因序列差异,研究林木基因组进化。在以上研究基础上,搭建了林木基因组浏览器,展示基因组信息,可视化比较林木基因组进化间差异信息。