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猪繁殖与呼吸综合征是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome virus,PRRSV)引起的一种以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病为特征的传染病。该病侵害猪群的肺泡巨噬细胞，造成猪群免疫系统受损，自发现以来给世界各国养猪业造成了巨大的经济损失。
本研究以广东地区部分猪场所采的疑似猪繁殖与呼吸综合征病死猪的肺、肝、脑为研究对象，对送检的60份病料进行PRRSV检测，结果有45份为阳性，阳性率高达75％。选取来自不同地区的12份阳性病料作为研究对象，参照GenBank中已发表的北美洲株ATCC-VR2332和中国株CH-1a株的ORF5基因序列，利用Primer5.0软件，设计合成了一对包含ORF5全长的特异性引物P51/P52，通过RT-PCR方法扩增了ORF5编码的糖基化囊膜蛋白E基因，大小为655bp，覆盖ORF5基因上的主要抗原表位。将PCR产物纯化后克隆到pMD18-T Simple Vector中，菌液PCR鉴定后进行序列测定，测序结果显示E基因全长603bp，包含完整的ORF5基因开放阅读框，编码200个aa。应用DNASTAR分析软件与GenBank上已发表的其它毒株序列进行核苷酸及其推导氨基酸同源性分析，结果表明广东地区的12份毒株的ORF5基因的核苷酸间相似性为96.7％-100％，推导编码的氨基酸序列之间的相似性为56.7％-99.5％；与VR2332株、CH-1a株、LV株的核苷酸相似性分别为85.4％-87.2％、93.0％-95.0％、54.4％-57.9％；与VR2332株、CH-1a株、LV株的氨基酸的相似性分别为49.8％-91.0％、51.7％-99.5％、30.8％-56.7％，ORF5基因编码的核苷酸和推导的氨基酸的变异和遗传进化树分析，证实广东地区12个毒株均为美洲型毒株，且属于美洲型的第二个亚群。广东不同地区的毒株氨基酸序列的改变，可因其潜在的糖基化位点、抗原表位的变化而影响毒株的毒力。
同时通过对RT-PCR方法扩增到的广东地区12个毒株的ORF5基因进行限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism，RFLP)分析，利用MluⅠ、SacⅡ、HaeⅢ、MspI四种酶进行限制性内切酶反应，区分鉴别弱毒疫苗与野毒，研究了广东地区毒株的遗传多样性。在所获得的12个毒株中有8个毒株的酶切图谱为1-1-4-1，而HD株、HD2株的图谱为1-1-4-2，HY2株为1-1-2-1， ZC株为1-2-4-1，表明在广东地区PRRS流行毒株的ORF5基因变异较大，所获得的12个毒株均为野霉株。通过RT-PCR方法扩增PRRSV GZ株ORF7基因的372bp片段，将所获得的片段进行克隆分析，结果本毒株ORF7基因与其他参考毒株核苷酸同源性为99％-100％，推导的氨基酸序列同源性为98％-99.5％。鉴定后的重组质粒ORFT-T的EcoR Ⅰ和HindⅢ双酶切产物亚克隆到原核表达载体pET-32a(+)中，构建ORF7基因重组表达质粒pET-ORF7，转化诱导后，通过SDS-PAGE和Western-Blotting分析，结果表明pET-ORF7在BL21(DE3)中成功表达，所表达的重组融合蛋白分子量为32KDa左右，与预期大小相符，并被PRRSV阳性血清识别。同时对该基因在不同诱导条件下的表达情况进行分析比较，结果表明最佳IPTG诱导浓度为0.8mmol/L，最佳诱导时间为2h。将诱导后的菌体进行超声破碎，SDS-PAGE检测表明该融合蛋白主要以包涵体形式存在，大量诱导表达后，进行His Bind蛋白纯化，以纯化后的重组融合蛋白作为诊断抗原，通过对抗原和血清最佳稀释度、封闭时间、血清及酶标二抗的作用时间、底物作用时间等条件的摸索，初步建立一套检测PRRSV抗体的间接ELISA方法。用该方法对广东地区收集到的200份血清样品进行检测，阳性率为78％，与国外检测试剂盒的对比试验表明该ELISA方法有较高的特异性和敏感性。