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用限制性内切酶Sau3A I酶切喜马拉雅旱獭基因组DNA，从低熔点琼脂糖凝胶中回收长度200-1000bp的片段，与用碱裂解法提取的经BamHI限制性内切酶酶切的质粒pUC19连接，转化用CaCl2法制备的大肠杆菌DH5 α感受态细胞。用蓝白斑方法结合以(CA)寡聚核苷酸引物和pUC19质粒多克隆位点两侧的M13primers M3和RV分别配对筛选阳性克隆，通过对经过鉴定的4000多个克隆的筛选，获得61个可能含有微卫星的重组阳性克隆。测定这61个阳性克隆的序列，其中9个克隆共含有13个明显的微卫星序列。9个克隆序列已在GenBank注册，序列号分别为EF555518～EF555519，EF676084～EF676090。利用BLAST序列分析软件对GenBank数据库进行检索，没有发现高度同源性的微卫星序列，表明本文得到的喜马拉雅旱獭的微卫星序列都是首次发现。
根据所测微卫星序列，利用Primer 5.0和Oligo 6.0软件设计微卫星序列引物，并事先设计好相应的参数，共设计出13对不含茎环和二级结构的引物，长度在20bp左右。用PCR法、琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析青藏铁路沿线4个不同地理种群喜马拉雅旱獭的多态性。统计分析结果表明，13个微卫星位点在4个种群中观察到的等位基因和有效等位基因数目分别达到2～6个、0.166～3.073个。多态信息含量显示6个微卫星位点(SSR2、SSR3、SSR4、SSR7、SSR10、SSR12)为高度多态(PIC>0.5)，6个位点(SSR1、SSR5、SSR8、SSR9、SSR11、SSR13)为中度多态(0.5>PIC>0.25)，1个位点(SSR6)为低度多态(PIC<0.25)。除了SSR1和SSR6外，其它位点Shannon指数都较高，最高为1.188。各位点平均杂合度大小波动范围为0.164～0.672。4个种群在所有位点的平均Shannon指数均大于0.8，平均PIC均大于0.45，平均观察杂合度较高，显示4个种群都处于高度多态。UPGMA聚类分析显示四个地理种群遗传进化关系明确。德令哈种群与乌兰种群遗传距离最近(0.1504)，可归为一个类群。其次，沱沱河种群与这两个种群遗传距离较近。四个种群中，沱沱河种群与安多种群遗传距离最远(0.5104)。因此，这12个微卫星标记(除SSR6外)可用于喜马拉雅旱獭的遗传多态性分析，为进一步开展喜马拉雅旱獭的种群分子生态学研究及其近缘种群的分子生物学研究奠定了基础。