随着经济的发展与生活水平的提高，人们越来越重视健康的生活方式，从而促进了鲜活农产品的消费需求增加和品类多样性，根据市场的需求与导向，寻求一种低成本、高效率、高效益的鲜活农产品物流配送路径已成为当前迫切需要解决的一个重要问题。随着网络技术的高速发展，电子商务已成为提高运营效率、增强市场竞争力的有效手段和方法，同时，电子商务的优势也让中国鲜活农产品的流通得到了新生的力量。电子商务的快速发展给鲜活农产品在互联网上的推介与营销提供了一个良好的平台与渠道，目前越来越多的农产品电子商务企业成立并迅速发展，从而能够很好地解决目前中国鲜活农产品流通过程中大小市场之间的供求矛盾冲突，同时进一步减少流通、损耗成本，健全相关的市场机制及功能。因此，研究电子商务环境下鲜活农产品的物流配送具有十分重要的意义。文章首先总结电子商务、鲜活农产品以及鲜活农产品物流配送的相关理论；分析了电子商务与物流配送的关系与影响，结合鲜活农产品的物理特性分析在电子商务环境下鲜活农产品物流配送的特点与现状，并归纳总结电子商务环境下鲜活农产品物流配送环节存在的一系列问题；针对目前电子商务环境下鲜活农产品物流配送存在的问题，建立基于VRPTW模型的电子商务环境下鲜活农产品配送路径优化模型；然后，通过实例分析，利用遗传算法并结合MATLAB编程求解。计算结果表明，本文建立的模型能够得到一个合理的配送车辆行驶路径，并能够满足顾客对配送时间的约束与要求，达到低成本、短时间、高效率的物流配送目标，同时保证鲜活农产品的新鲜度，进而提高顾客满意度，因此，本实例验证了模型和算法的有效性和合理性。