荆州黑麦(Secale cereale L.cv.Jingzhouheimai,JZHM)高抗小麦白粉病、纹枯病和黄花叶病等多种病害,是小麦改良的重要基因资源。前期研究已经育成八倍体小黑麦荆辉1号,选育出一批小麦-荆州黑麦异染色体系,并将抗白粉病基因分别定位于染色体长臂2RL和6RL。为精确定位、加快转移和利用荆州黑麦抗白粉病基因,研究首先从小麦EST、黑麦EST、小麦gSSR、大麦和短柄草基因组序列设计的637对引物中筛选出黑麦特异标记103个,多态率为16.2%。染色体定位获得染色体2R特异标记28个、6R特异标记9个。为提高标记筛选效率,利用白粉菌诱导上调表达的荆州黑麦转录组序列设计引物343对,从中筛选出黑麦特异标记185个,多态率为53.9%,染色体定位获得2R特异标记30个、6R特异标记12个,远高于本研究其它引物的16.2%,是开发黑麦特异标记的经济、有效途径。从前期研究获得的88份2R染色体结构变异体中,通过连续GISH/FISH和分子标记分析准确鉴定出17份稳定传递的结构变异体,包括7份整臂易位、6份小片段易位、3份大片段易位和1份缺失系。利用前人选育的两种端体和本文选育的17份变异体,将88个2R特异标记(包含前人筛选的30个)定位于2R染色体的13个区段,其中短臂3个区段,编号为2RS-1～3;长臂10个区段,编号为2RL-1～10,并将2R抗白粉病基因PmJZHM2RL定位于区段2RL-7,该区段包含18个特异标记,其中10个来自白粉菌诱导上调表达基因。分析表明,荆州黑麦6R携有高抗白粉病基因,并表现与供试其它白粉病抗性基因不同的抗谱反应,初步命名为PmJZHM6RL。通过自发易位、电离辐射和zebularine诱导,共获得了 55份6R结构变异体,从中选育出20份稳定传递的变异体,包括整臂易位11份、大片段易位2份、缺失系3份、端体2份和等臂染色体2份。结合前人获得的23个6R染色体特异标记,本研究利用这些变异体,将44个6R特异标记定位在6R染色体6个区段,其中短臂3个,为6RS-1～3,长臂3个,为6RL-1～3,并将6R抗白粉病基因PmJZHM6RL定位于区段6RL-2,该区段包含29个特异标记,其中9个来自白粉菌诱导上调表达基因。研究选育到14份抗病易位系,包括6份2R易位系和8份6R易位系,获得株高显著降低的2R易位系10份,千粒重显著增加的2R易位系1份,其中4份2R抗病易位系具有较好的农艺性状,为小麦遗传研究和抗病等改良提供了新种质。