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隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)和毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)是新发传染病病原,能够引起人和动物腹泻、食欲下降、体重减轻和生长迟缓等症状,从而影响人体健康并对畜牧业造成严重危害。目前大多研究关注于集中饲养的绵羊和奶牛中隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的分布情况,而这些病原感染散养动物,尤其是在空气稀薄、太阳辐射强烈、气候寒冷地区的藏羊和牦牛的情况鲜有报道。为了研究这两种病原在藏羊和牦牛中的分布,我们在青海省6个县采集了 350份藏羊粪样,并在其中5个县采集了 554份牦牛粪样。分别采用基于SSU rRNA(mall subunit ribosomal RNA)和内部转录间隔区(intermal transcribed spacer,ITS)的巢式 PCR(polymerase chain reaction)结合测序的方法对隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫进行了虫种和基因型鉴定。进一步采用基于gp60(60 kDa glycoprotein)基因的巢式PCR结合测序的方法,对Cryptosporidium ubiquitum的阳性样品进行了亚型区分。发现43只藏羊和158头牦牛感染了隐孢子虫,阳性率分别为12.3%和28.5%。Cryptosporidium xiaoi(39/43,90.7%)是感染藏羊的优势虫种,其次为C.ubiquitum(4/34,9.3%),且四个C.ubiquitum 阳性样品均属于人兽共患的XⅡa亚型家族。相较而言,在牦牛中发现了多个隐孢子虫虫种:Cryptosporidium andersoni(72/158,45.6%)、Cryptosporidium bovis(47/158,29.7%)、Cryptosporidium ryanae cattle type(35/158,22.2%)、Cryptosporidium ryanae buffalo type(2/158,1.3%)和 Cryptosporidium suis-like(2/158,1.3%)。本研究发现的C andersion是感染牦牛的优势虫种的结论与以往在牦牛中很少发现该虫种的结果明显不同。尽管藏羊和牦牛来自相同的栖息地,但它们被不同的隐孢子虫虫种感染的事实说明隐孢子虫在藏羊和牦牛之间跨种传播的可能性较小。另外,我们在藏羊、牦牛中发现的C.ubiquitum、C.andersoni、C.bovis和C.suis-like存在一定的人兽共患风险,具有公共卫生意义。共在73份藏羊粪样和40份牦牛粪样检出毕氏肠微孢子虫,阳性率分别为20.9%和7.2%。在藏羊中发现了 8个基因型,其中优势基因型为已报道的BEB6(n=31)、COS-I(n=25)和NESH5(n=11),此外,还发现了 5个新基因型:CHS17(n=2)和CHS13-CHS16(各1个)。在牦牛中检出了 7个基因型,包括已报道的J(n=19)、BEB6(n=7)、BEB4(n=7)、COS-I(n=2)和 NESH5(n=1)以及新发现的 CHN13(n=3)和CHN14(n=1)。由于BEB6、COS-I和NESH5在同一地区的藏羊和牦牛中均有发现,表明毕氏肠微孢子虫在藏羊和牦牛之间可能发生了跨种传播。在藏羊和牦牛中检测出2个属于人兽共患group 1基因型(CHS17和CHN14)和3个曾在人体中报道的基因型(BEB4、BEB6和J),表明了青海藏羊和牦牛可能是人兽共患毕氏肠微孢子虫基因型的重要来源,具有一定的公共卫生意义。以上结果对于我们了解两种病原在藏羊和牦牛中的分布特点以及预防二者在动物-动物和动物-人的传播提供依据。