高新技术企业是国家自主创新的重要主体，并且自主创新的关键环节是R&D投资，但是，在资本配置过程中，高新技术企业常常存在R&D投资不足和规模投资过度问题，有哪些主要因素影响高新技术企业R&D投资和规模投资？这些因素又是如何影响高新技术企业R&D投资和规模投资？现有文献很少对此进行系统的研究。 本文从高新技术企业R&D投资与规模投资特征出发，结合中国特定的制度背景，从宏观和微观两个层面，以公司财务学和制度经济学等有关理论为支撑，从融资约束与投融资匹配机制、技术溢出与内部化机制、CEO激励与投资选择机制视角，运用规范研究和实证分析方法，通过对比分析，分析融资来源、政策补贴方式和CEO激励等主要影响因素与高新技术企业R&D投资、规模投资的之间的关系。本文研究发现，中国上市高新技术企业R&D投资主要依靠内源融资和股票融资，负债并不适合R&D投资；规模投资主要依靠股票融资和负债融资；中国上市高新技术企业R&D投资对非高新技术企业具有溢出效应，并且发现三种政策补贴方式都能促进企业增加R&D投资，并且政府直接货币补贴能够有效地抑制企业过度的规模投资，税收返还和所得税优惠政策能够促进高新技术企业技术成果转化而进行的适度规模投资；CEO股权激励能够促进企业增加R&D投资，减少规模投资；CEO年薪激励减少企业R&D投资，增加规模投资。此外，本文研究发现中国大部分高新技术企业存在R&D投资不足和规模投资相对过度问题，并且分析了高新技术企业R&D投资不足和规模投资过度产生的制度根源。