癌症是严重威胁人类健康的重大疾病,而肝癌又是在世界范围内第五位,国内第二位的恶性肿瘤。肝癌在临床上检出较晚,恶性程度较高,5年生存率只有6%左右。因而,对包括肝癌在内的绝大多数癌症来说,除了不断推进临床治疗手段的进步,其早期发现也是提高患者生存率的关键途径之一。因此,筛选有效的肝癌早期检测标志物具有很高的临床意义和应用前景。而转基因肝癌小鼠模型为开展癌症的早期研究提供了很好的样本,将其与大规模整体性的蛋白质组学研究手段结合,大大提高了筛选肝癌标志物的效率。以2个月的WHV/c-myc转基因小鼠和正常对照小鼠(各3只)的肝组织样品为研究样本,运用基于二维液相色谱串联质谱的蛋白质组学非标记定量技术,得到4832种含有定量信息的蛋白质。采用随机配对t检验筛选出323种具有统计学意义(p<0.05)的差异表达蛋白质。系统聚类分析显示这323种差异表达蛋白质数据集可以有效的将转基因小鼠肝组织和对照小鼠肝组织分为两大类。我们又对136种在转基因小鼠肝组织中高表达或者仅在其中鉴定到的蛋白质以及145种在对照小鼠肝组织中高表达或者仅在其中鉴定到的蛋白质做了分子功能注释,结果显示后者中的转运活性蛋白和信号转导活性蛋白的比例和数目高出前者1倍左右,而仅在转基因小鼠肝组织中鉴定到的蛋白质中明显富集了结合蛋白和催化活性蛋白。进一步以139个高可信度的差异表达蛋白质肽段数信息做主成分分析,转基因与对照小鼠肝组织在二维空间内就可以被分成两个明显的簇。本研究中所采用的非标记定量蛋白质组学技术,结合生物信息学分析手段,在分析WHV/c-myc转基因小鼠肝组织的异常变化方面展示出很好的能力,是一种有效的针对多样本的定量蛋白质组学研究策略和思路。对筛选出的差异表达蛋白质的深入研究,在明确转基因小鼠模型癌症发生的早期生物学事件的同时,必将为发掘更加可靠和有效的肝癌早期检测标志物提供有益的线索。