我国实行的是世界上最严格的耕地保护制度，但由于在现有制度设计下耕地保护者的积极性难以调动，导致耕地保护绩效不佳，有关耕地保护补偿的理论研究和实践探索由此应运而生。目前，已有研究对构建耕地保护补偿机制的一些关键问题还存在争议，特别是对于补偿原则、补偿对象、补偿标准、补偿模式都没有形成一致意见。本文在前人研究的基础上，开展了以下工作。依据外部性理论、机会成本理论和脱钩理论，提出了确定耕地保护补偿标准和测算耕地保护补偿基金规模的基本思路和具体方法，即首先分别针对占补平衡耕地和非占补平衡耕地确定合理的耕地保护补偿标准，然后依据脱钩指数模型预测目标年耕地保有量，最后测算耕地保护补偿基金规模。按照上述思路，以义乌市为例进行实证研究和可行性分析。测算出义乌市2010年耕地保护补偿基金规模的上限为44427.51万元，下限为32003.38万元；2020年义乌市所需耕地保护补偿基金规模上限为26425.06万元，下限为14034.66万元。经与成都市和佛山市在实践中所耗补偿基金规模占财政收入的比例进行横向比较后可以判断，义乌市财政完全有能力承担本文测算出来的补偿标准和补偿基金规模。最后，结合其他地方耕地保护补偿的实践探索经验，本文构建了区内和区际耕地保护补偿制度框架，分别设计了两种框架下的耕地保护补偿运作机制，对补偿对象、资金来源及补偿方式做了界定。本文还根据社会可接受程度和难易程度创造性地设计了构建耕地保护补偿制度的改革路径，建议可按照从国家重点项目到省重点项目，再到其他一般项目的思路循序渐进的推广，在推广实施中不断改革完善。本研究确立的以年度机会成本损失和土地承包经营权流转租金为基础的两类耕地保护补偿标准，较好地解决了实践中确定耕地保护补偿标准的依据不明确、难以让人信服的问题。构建的区内和区际耕地保护补偿机制及其改革路径为进一步推广耕地保护经济补偿机制、加强耕地保护制度建设、提升土地管理水平，确保经济快速发展中的粮食安全和社会稳定提供了理论支撑和决策参考。