在我国证券市场上，终极控制权的存在与上市公司许多不规范问题密切相关。终极控制权的概念是由La Porta提出，在分析股权结构时，他强调不能简单的将第一大股东作为控股股东，而是应该追溯层层股权结构链条找到企业的终极控制股东。终极控制权和现金流量权一旦发生偏离，终极控制股东就能用较少的现金流获得较大的控制权，偏离了“一股一票”的原则。因此，终极控制股东容易利用其控制地位获取额外控制权私人收益，进而侵害到中小股东利益，影响公司绩效。本文以我国制造业上市公司的数据作为研究对象，采取理论分析和实证研究相结合的方法对终极控制权和现金流量权两权偏离度和企业绩效的关系进行研究。实证结果表明，存在最终控制人的制造业上市公司，其终极控制权和企业业绩呈现显著线性负相关关系，终极控制权越低，企业绩效越好；制造业上市公司最终控制人的终极控制权和现金流量权的偏离程度与企业绩效之间不存在显著的线性关系；民营控股上市公司与国有控股上市公司相比较，前者的两权偏离度对公司业绩的影响程度要大于后者。在实证研究的基础上，本文针对研究结果从上市公司监管和中小股东保护等方面提出了政策建议。