獐牙菜亚族(subtribe Swertiinae)属于龙胆科(Gentianaceae)龙胆族(tribeGentianeae)，约539-565种植物广泛分布于世界各地的高山、温带及高寒地带，东亚和北美为该亚族的多样性中心。前人的研究表明獐牙菜亚族是一个单系群，但是亚族内部各属之间和许多属内部的系统关系还没有得到较好的解决，许多基于分子系统学的研究结果与基于形态性状的传统分类系统之间存在较大的冲突。　　 为探讨獐牙菜亚族各属之间和一些属内的系统关系，本研究选取该亚族14属68种1变种的样品和龙胆亚族1属3种的样品作为外类群，采用最大简约法(maximum parsimony)和贝叶斯法(Bayesian inference)对这些样品核基因片段ITS和3个叶绿体片段matK、rbcL和trnH-psbA序列进行了独立和联合分析，重建了獐牙菜亚族的系统发育，对獐牙菜亚族各属之间和一些属内的系统关系、獐牙菜亚族形态分类与分子数据不一致的原因和獐牙菜亚族花形态多样性的意义进行了探讨。主要研究结果如下:　　 獐牙菜亚族为一单系群，Bartonia位于亚族的最基部。獐牙菜属折皱组（Swertia sect.Rugosa）、獐牙菜组（S.sect.Swertia）、宽丝组（S.sect.Platynema）和藏獐牙菜组（S.sect.Kingdon-Wardia）的划分得到了分子数据的部分支持，折皱组和獐牙菜组亲缘关系最近，宽丝组和藏獐牙菜组亲缘关系最近。口药花属（Jaeschkea）与獐牙菜属多枝组（S.sect.Ophelia）的一些种亲缘关系最近。花锚属(Halenia)与四数獐牙菜(S.tetraptera)、歧伞獐牙菜(S.dichotoma)和獐牙菜（S.bimaculata）亲缘关系最近。大钟花属（Megacodon）和獐牙菜属的宽丝组和藏獐牙菜组具有最近的亲缘关系。喉毛花属（Comastoma）、肋柱花属(Lomatogonium)和假龙胆属（Gentianella）都非单系，处于同一个较为进化的分支中。翼萼蔓属嵌入到了扁蕾属之中。　　 獐牙菜亚族形态分类与分子数据的不一致，可能的解释是形态分类不能反映真正的进化历史，其中最显著的原因是形态特征的可塑性。獐牙菜亚族各属间具有明显的形态差异，可能的解释为基因表达中少数突变或改变引起的显著形态差异。