马铃薯既是粮菜兼用作物,也是工业原料,对经济的发展和粮食安全有着重要作用。随着马铃薯育成品种不断增多,育成品种间的遗传差异越来越小,单纯依靠传统植物学性状已经难以进行精确的鉴定。尽管马铃薯全基因组测序计划已经完成,但应用于马铃薯大规模分析的分子标记仍比较少,特别是与基因相关的功能标记,这在一定程度上限制了马铃薯遗传育种的研究。本研究采用MISA软件搜索马铃薯基因组SSR位点,结合数据库中EST序列的冗余性和多态性开发EST-SSR标记,进而利用所开发的EST-SSR引物对44份马铃薯品种资源的亲缘关系进行分析,并构建指纹图谱,主要研究结果如下:1.通过MISA程序扫描马铃薯基因组序列共获得了 144813个总SSR位点,平均间隔4.98Kbp,其中单一 SSR位点15546个。在染色体分布上,单一 SSR位点分布特征与总SSR位点相似,SSR位点的分布数量均与染色体长度相关,但单一 SSR位点的分布密度差异更加明显。2.马铃薯基因组中SSR位点倾向分布于非编码区,在基因组不同区域分布密度高低顺序为:基因间>内含子>启动子>外显子。不同重复单元类型的SSR数量差异较大,单核苷酸重复类型中(A/T)n基序数量最多,分别占总SSR和单一SSR位点数的70.43%和70.44%。二核苷酸重复类型中以(AT/TA)n分布最为丰富,而(CG/GC)n类型最少,仅搜索到2个。三核苷酸重复类型中以(AAT)n类型的基序数量最高。3.挑选了 10份遗传差异较大的马铃薯材料,从40对合成的引物中,筛选出了 17对条带清晰、多态性较高的引物,对44份马铃薯育种资源的DNA进行PCR扩增,获得了 138个等位位点,平均每对引物检测到的位点数为8.1个。多态性位点136个,多态性比率达98.5%。17对引物平均多态性信息含量(PIC)为 0.8073,变化范围为 0.6607～0.8786。4.利用NTSYSpc软件计算遗传距离表明,44份马铃薯育种材料间的遗传距离范围在0.0296～0.5111之间,平均为0.3424。UPGMA聚类分析显示,在相似系数0.632处,可以将供试材料分为5个大类,其中有75%的材料被聚为一类。从分子水平上表明了 44份马铃薯育种资源间的亲缘关系较近,遗传基础狭窄。5.通过进一步采用不同引物组合对供试材料进行鉴别分析显示,SAUE151、SAUE022、SAUE015、SAUE003、SAUE008等5对引物组合在一起可以完全区分44份马铃薯材料,进而利用上述5对引物作为核心引物构建了 44份马铃薯育种资源的指纹图谱。