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Bacillus licheniformis strain CSL2是1株从青海茶卡盐湖中采集并分离出来的具有耐盐性的菌株。为了更好的探索该菌株在盐胁迫条件下的转录调控机制,结合基于Illumina Hiseq 2500的二代测序技术和Nanopore的三代测序技术对菌株CSL2进行全基因组测序分析;根据菌株的生长曲线结果,选择13组不同条件下培养的菌体进行转录组测序分析,预测与耐盐相关的转录因子;使用DNA亲和纯化测序技术（DAP-seq）捕获转录因子调控区域,挖掘受耐盐转录因子调控的靶基因,分析其功能,为菌株CSL2耐盐转录调控网络的构建提供依据。主要研究结果如下:Bacillus licheniformis strain CSL2的基因组是一个双链环状分子,不含质粒,染色体数量为1,基因组序列总长度为4,280,457 bp,G+C含量为45.92%。分析基因组信息共预测到4246个编码基因,81个tRNA、24个5S-16S-23S rRNA操纵子和5个其它非编码RNA。通过对COG数据库的比对分析,发现编码基因主要涉及通用功能预测、转录、氨基酸的运输和代谢、碳水化合物的运输和代谢等功能分类。菌株CSL2基因组中含有多个耐盐基因,使其能在高渗环境中生存。其基因组信息中还包含与糖代谢、纤维素降解相关的酶,使耐盐菌具备良好的生存能力和研究价值。细菌全基因组数据信息已提交NCBI数据库,GenBank号为CP041154。通过TopHat和Cufflinks软件对13组转录组数据进行分析,获得3940个差异表达基因,包含3388个上调基因和552个下调基因。通过对GO数据库的比对分析,发现差异基因主要涉及代谢过程、单组织过程、细胞内过程、细胞膜、催化活性、结合等方面。通过对COG数据库的比对分析,发现差异基因主要集中于通用功能预测、转录、氨基酸的运输和代谢、碳水化合物的运输和代谢等功能分类。将PFAM生物信息预测与差异表达基因相结合,本研究共预测得到6个转录因子（5个家族）:gene-BLCSL01560（PadR-like family）、gene-BLCSL03550（TetRC family）、gene-BLCSL06300（CitT family）、gene-BLCSL10835（TetRC family）、gene-BLCSL18415（Trnsreprmetal family）、gene-BLCSL21000（IclR family）。通过DAP-seq技术富集与转录因子结合的DNA片段,测序后使用生物信息学分析结合位点的富集区域,结果显示gene-BLCSL01560检测到633个峰,发现3个长片段和8个短片段motif;gene-BLCSL03550检测到518个峰,发现2个长片段和7个短片段motif;gene-BLCSL06300检测到14个峰,发现1个长片段motif;gene-BLCSL10835检测到50个峰,未发现motif;gene-BLCSL18415和gene-BLCSL21000未检测到可靠峰。对有峰检出的样本进行GO富集分析发现,4组转录因子调控的靶基因均主要涉及单组织过程、细胞内过程、代谢过程、细胞膜、细胞膜组分、催化活性、结合等生物学过程,推测这4组转录因子的调控机制可能具有相似性。