循环miRNA内参的筛选及验证

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[目的]通过对不同肿瘤患者和健康对照者血清中微小RNA(micro RNA,mi RNA)表达情况进行检测,并在血浆样本中进行验证,筛选出表达稳定、检测方便、适合作为内参的循环mi RNA,为循环mi RNA肿瘤标志物的筛选及后续研究提供可靠的内参基因。[方法]采用高通量微阵列芯片技术,分别对20例鼻咽癌(Nasophary ngeal cancer,NPC)患者,20例健康对照血清,10例胃癌(Gastric Cancer,GC)患者、10例健康对照血清等体积混合后,对混合血清中mi RNA表达谱进行分析,结合大量文献数据,筛选出其中表达水平较高、稳定性较好的mi RNA作为候选循环mi RNA内参。采用实时荧光定量PCR技术,在上述30例肿瘤患者和30例健康对照者血清中对初步筛选出的mi RNA的表达水平进行验证,同时对U6和mi R-16作为内参的适用性进行分析,并利用Ge Norm软件对候选内参基因分子进行计算分析,排除部分表达水平较低或者表达稳定性较差的循环mi RNA后,得到表达最稳定mi RNA。另选取50例健康人及178例肿瘤患者(胃癌68例、结肠癌(Colon Cancer)、直肠癌(Rectal Cancer)、乳腺癌(Breast Cancer,BC)各30例、鼻咽癌20例)血清,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,q PCR)技术对初筛的内参基因表达水平进行验证;结合Ge Norm软件、Norm Finder软件、Best Keeper软件进行综合分析计算,验证所筛选内参基因的可靠性及稳定性。进一步验证所筛选内参基因在不同冻融次数下表达稳定性。在血浆中对筛选的循环mi RNA内参的表达稳定性进行验证。[结果]高通量微阵列芯片结果显示,在鼻咽癌、胃癌和健康对照者组血清中,经初步筛选其中共有6个mi RNA符合内参筛选要求,分别为hsa-mi R-191-5p,hsa-mi R-24-3p,hsa-mi R-142-3p,hsa-mi R-186-5p,hsa-mi R-135a*-3p,hsa-mi R-19b-3p。根据鼻咽癌与非癌人群的mi RNA表达谱芯片分析和实时荧光定量PCR发现U6在不同人群中表达存在较大波动,反复冻融后表达量亦有所降低,证实了U6不适合作为循环mi RNA内参。经初次q PCR验证hsa-mi R-135a*-3p基因表达水平CV值(cycle value,CV)(也叫CT值)中位数大于35被排除,剩余的5个mi RNA被纳入进一步分析。应用Ge Norm软件对上述5个候选内参基因稳定性进行计算分析,结合其在不同样本中的表达水平,初步筛选出可能的mi RNA内参基因为hsa-mi R-191-5p,hsa-mi R-24-3p,hsa-mi R-142-3p。经一定量的样本再次q PCR验证初筛的mi RNA内参和文献报道的可能的循环mi RNA内参,结合Ge Norm软件、Norm Finder软件、Best Keeper软件进行综合分析计算,结果证实mi R-191和mir-24的表达最为稳定,优于文献报道的其他候选循环mi RNA内参。在血清反复冻融情况下,mi R-191和mir-24表达较为稳定。mi R-191和mir-24在血浆样品中表达同样比较稳定,提示其同样适用于作为血浆mi RNA的内参。[结论]U6不适合作为循环mi RNA内参;hsa-mi R-191-5p和has-mi R-24-3p适合作为循环mi RNA内参。
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