【摘 要】
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马腺疫（Strangle）是由马腺疫链球菌（Streptococcus equi subspecies equi,S.equi）引起的急性高度接触性传染病,表现为发热、流脓性鼻液和头颈部淋巴结脓肿等症状,严重时可致动物死亡,该病在全球范围内流行,已给养马业造成了严重的经济损失。目前国内外的学者对S.equi的研究多集中在已发现的少数毒力因子上,以S.equi新疆地方流行株全基因组背景探索该菌进化关
【基金项目】
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国家自然科学基金项目（项目编号:U1803108）课题主持人:苏艳（新疆农业大学 动物医学学院）； 新疆维吾尔自治区重大专项项目子课题（课题编号:2017A01002-2-6）课题主持人:苏艳（新疆农业大学 动物医学学院）；
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马腺疫（Strangle）是由马腺疫链球菌（Streptococcus equi subspecies equi,S.equi）引起的急性高度接触性传染病,表现为发热、流脓性鼻液和头颈部淋巴结脓肿等症状,严重时可致动物死亡,该病在全球范围内流行,已给养马业造成了严重的经济损失。目前国内外的学者对S.equi的研究多集中在已发现的少数毒力因子上,以S.equi新疆地方流行株全基因组背景探索该菌进化关系和基因特点的研究较少,限制了从全基因组水平上开展S.equi致病机制的研究与防控。本研究将分离的新疆分离株XJ 5012培养后,利用小鼠模型进行该菌免疫学特性、培养特性和病理组织学的观察和检测。结果得到了该菌的生长曲线、免疫特性和病理特点。对新疆分离株XJ 5012进行全基因组测序和生物信息学分析,分析基因组特征和进化特点,并将分离株与S.equi 4047和S.equi NCTC12091进行比较基因组学分析,了解三株菌在基因组层面的差异。利用IIumina和Pac Bio RS II测序平台对XJ 5012进行全基因组测序后,得到大小为2.21 Mb的染色体和大小为15 805 bp的质粒,基因组分析结果表明,S.equi XJ 5012有编码基因2 264个,t RNA66个,r RNA 18个,基因岛13个,CRISPR结构10个和前噬菌体3个。基于16SrRNA基因系统发育分析表明S.equi XJ 5012分离株与S.equi 4047亲缘关系最近。利用链球菌数据库对Se M基因进行分析,结果表明分离株XJ 5012鉴定为新的基因型Se M-215,该基因型与新疆地区分离株Se M-209、分离株Se M-217、国外分离株Se M-195和Se M-196亲缘关系最近。通过VFDB和CARD数据库中的比对,发现了197个毒力基因和135个耐药基因,且耐药基因主要分为大环内脂类、氟喹诺酮类、氨基糖苷类、多肽类、四环素和β-内酰胺类抗生素耐药基因,该结果与分离株XJ 5012药敏实验结果一致。本研究还将分离株S.equi XJ 5012与S.equi 4047、S.equi NCTC12091全基因组进行共线性比较,结果表明三株菌之间的基因组共线性程度较高,发现S.equi XJ 5012上1 178 646-1 191 423 bp的片段在S.equi 4047基因组2 196 103-2 208 413 bp处发生倒位现象。对三株菌进行泛基因组分析的结果显示,三株菌共有核心基因1 602个,占总基因簇的69.59%,S.equi XJ 5012与S.equi 4047之间共有的非核心基因簇较多;16S r RNA进化树表明这两株菌亲缘关系最近。对多个毒力基因进行同源性比较,结果发现在S.equi NCTC12091未找到Se M基因和Ide E2基因,S.equi XJ 5012与S.equi 4047几个毒力基因同源性在99.2%-100%。综上所述,本研究对已鉴定的S.equi XJ 5012菌株进行了培养特性、抗原特性和病理学特性的检测,并对分离菌进行全基因组测序,鉴定了一株新的基因型Se M-215,可为后续S.equi毒力基因的筛选和致病机制的研究提供数据支持和理论依据。
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