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目的：建立针对手足口病及其致病病原的检测鉴定体系,持续监测手足口病；研究华中地区江西省、湖北省和河南省的手足口病流行病学和病原学特征,结合掌握的手足口病爆发过程中的规律,为本地区手足口病的预防、控制、诊断和治疗提供合理化建议和理论参考依据。方法：采集手足口病患者临床样本,同时收集手足口病患者病例信息,根据这些临床样本和病例信息,首先运用RT-PCR方法完成临床样本检测,对阳性标本进行病毒分离,对分离病毒株进行基因分型和全基因组测序。然后再结合检测结果、病毒分离、基因分型和全基因组测序结果,对病例信息进行流行病学和病原学综合分析统计。结果：2010年4月-5月南昌市爆发的手足口病致病病原以EV71为主,其次为CA16病毒,发病患者集中于1-4岁散居儿童和幼托儿童,男性儿童明显多于女性儿童,临床症状都较轻,EV71分离株属于C4a亚型,CA16分离株都属于Blb亚型。2011年4月-2012年3月武汉及周边城市爆发的手足口病呈两个发病高峰期,第一个高峰期为5月-7月,EV71病毒为主要致病病原,第二个高峰期为秋季至初冬9月-12月,CA16病毒为主要致病病原；发病患者集中于1-3岁散居儿童,男性儿童明显多于女性儿童；EV71阳性患者并发症集中于中枢神经系统方面,CA16阳性患者并发症集中于上呼吸感染方面；EV71分离株属于C4a和C4b, C4b比C4a流行地区更为广泛,CA16分离株属于Blb和B1a, B1b流行地区更为广发。3株重症和轻症患者来源EV71分离均为亲本株C4a型毒株guangdong/GD/CHN/2009和C4b型毒株SHZH98/GD/CHN/1998在2A-2B基因交界处发生型内重组所产生,3株重症和轻症患者来源CA16分离株均为亲本株CA16A型毒株FY18/AH/CHN/2008和EV71A型毒株Hubei-09/HB/CHN/2009在2A-2B基因交界处发生型间重组。结论：不同年份与不同地区,手足口病的流行时间段不同；手足口病患者集中于1-3岁男性散居及幼托儿童,应以这部分儿童为重点防控对象,加强健康教育和防控知识宣传；EV71阳性患者症状与CA16阳性患者症状之间互有区别；C4b亚型EV71病毒重新出现并在2011武汉市及周边地区大范围流行;EV71病毒重组和CA16病毒重组不能直接决定其病毒毒力。