近年来，我国对科研经费的投入力度与强度在不断增大增强。高校作为知识与科技力量高度密集型组织，在科学研究和活动中占据独特而重要位置，因此，其承担的科研项目和获得的经费也较多。但是随着高校科研经费数额的剧增以及来源渠道的多元化，科研经费的使用出现了较多问题，究其原因，内部控制管理不完善是导致科研经费使用出现问题的罪魁祸首。为了进一步提高行政事业单位内部管理水平，规范内部控制，加强廉政风险防控机制建设，财政部制定印发了《行政事业单位内部控制规范（试行）》（以下简称《内控规范》）并于2014年1月1日起施行。新的事业单位内部控制规范制度为高校进行内部控制规范提供了新的依据，也提出了新要求。本论文在此背景下紧密结合我国高校科研经费的使用情况，对高校科研经费内部控制问题进行了深入研究。首先阐述本文的研究背景及意义，综述国内外研究现状以及内部控制的相关理论；其次用问卷调查对高校科研经费内部控制现状进行了调查分析，发现科研经费使用中存在的问题；然后，从高校单位层面以及业务层面两方面出发对科研经费内部控制系统进行了优化设计；最后对X高校科研经费使用情况进行案例分析，发现X高校科研经费管理中存在的问题，并从内部控制角度提出改进的意见。本文通过对高校科研经费内部控制问题的研究，力图为高校科研经费的管理构建内部控制体系。使高校充分认识到对科研经费进行内部控制的重要性，克服科研经费内控管理意识淡薄的思想，降低高校科研经费使用的风险，提高高校科研经费的使用效率。