儿童暂时性髋关节滑膜炎外周血细胞中circRNA的差异性表达研究及其ceRNA机制分析

来源 :苏州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xuebin0523
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目的:分析儿童暂时性髋关节滑膜炎(transient synovitis of the hip,TSH)患儿和健康儿童外周血中环状RNA(circRNA)表达谱的差异性,为早期诊断儿童暂时性髋关节滑膜炎,早期干预治疗,鉴定疾病分型,预测预后情况提供一种新的思路。研究方法:1、试验组和对照组分别由23名TSH患儿和23名健康儿童构成,从我院骨科门诊以及住院部2020年1月-2020年12月接收的患者当中随机抽取23名TSH患者,从健康人群中随机抽取对照组患者。2、提取这6名参与者外周血内的circRNA,然后对circRNA的差异性表达进行分析和验证,前者基于高通量微阵列芯片实现,后者基于聚类图、火山图、散点图实现。3、预测调控异常circRNA的潜在功能时应用了京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的通路分析以及基因本体论(Gene Ontology,GO)。4、验证已明确存在差异表达的circRNA分子时所用技术为实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-Time Polymerase Chain Reaction,RT-qPCR)。5、选择两组高表达、两组低表达的经过验证的目标circRNA分子进行炎症指标TNF-α、IL-1 β的检测并运用统计学处理分析其相关关系。6、利用Miranda、Targetscan、RNAhybird在线文库预测差异性表达的cirRNA可能靶向吸附的miRNA,再预测miRNA可能作用的mRNA,利用cyctoscope构建筛选并验证的差异表达的circRNA的ceRNA网络。结果:1、采用RNA高通量测序技术对比分析TSH患儿及其对照的健康儿童外周血的circRNA表达谱,结果显示,二者当中差异表达比较明显,而且统计学水平在0.05之下的circRNAs共有764个(P<0.05,Fold Change>2),其中明显上调和下调的分别为46个和718个。2、选取出6个差异更为显著的circRNAs作为目标分子,其中4个为下调明显,2个为上调明显,并且通过RT-qPCR得到了进一步验证,结果表明hascircRNA003567(P=0.0343)、hascircRNA104642(P=0.0146)在实验组中相对表达水平高于对照组;结果表明hascircRNA104052(P=0.0025)、hascircRNA104532(P=0.0191)、hascircRNA104689(P=0.0154)在实验组中的相对表达水平低于对照组(P<0.05);hascircRNA092547的表达在两组间无统计学差异。3、circ-003567与血清中IL1 β,TNF α的含量呈正相关,而circ-104052与血清中IL1 β,TNF α的量负相关。4、通过对比circRNAs与微小RNA(microRNAs,miRNAs)之后,以之为依据,运用miRNA靶基因预测软件明确了差异环状RNA-miRNA的相关性,得到了相应的miRNA,其与实验中五个差异表达显著且在0.05统计学水平之下的cirRNAs基于hascircRNA003567、hascircRNA104642、hascircRNA104052、hascircRNA104532、hascircRNA104689 这 5 个 circRNA 和 167 个 miRNA 分子,建立了 circRNA-miRNA调控网络。根据miRNA可能关联到的188个下游基因进行KEGG 信号通路富集分析,发现了 IL-17 signaling pathway、HIF-1 signaling pathway、Amyotrophic lateral sclerosis等多条信号通路可能与TSH的发病机制相关。结论:1、获得了 TSH表达特异的circRNA表达谱;2、RT-qPCR 验证发现了 hascircRNA003567、hascircRNA104642、hascircRNA104052、hascircRNA104532、hascircRNA104689 这 5 个分子在 TSH患儿外周血中表达失调,并可能参与疾病进展。3、炎症因子检测确定circ-003567与血清中IL1β,TNF α的含量呈正相关,可以作为TSH诊断生物标志物的候选指标,而关于circRNA-miRNA通路的研究可能为探索TSH的发病机制提供新的思路。
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