在农业部2017年发布的《十三五”渔业科技发展规划》中,“重要水域渔业资源评估和管理”被列为了最首要的科技任务之一。随着2020年《长江十年禁渔计划》的开始,关于内陆河流尤其是我们的母亲河—长江、黄河及其重要支流的鱼类资源、水域生态多样性保护成为首要研究目标。秦岭是我国地理上的南北分界山脉,其海拔高低错落,具有丰富的水资源,给予了鱼类得天独厚的生存环境。由于秦岭地貌复杂险峻,其天然的将周围水域分为南北两麓,既流向南麓陕南地区的汉江、嘉陵江、丹江流域（汉江支流）以及流向北麓关中平原的渭河流域。秦岭内部流域错综复杂,导致该流域内的物种分布不均匀。早前对于秦岭水域鱼类资源调查,多采用的是传统的人工捕捞和走访调查等方法。这些方法的不足在于耗时长、人工成本高、对于稀有物种不敏感等。所以本文采用了环境DNA高通量条形码技术对秦岭南北两麓水域进行鱼类多样性调查,该种方法已经广泛应用于具有复杂山陵地貌的流域,可行度较高。环境DNA高通量测序技术是指对于生物通过分泌,排泄等方法释放到环境中的DNA片段进行采集,提取,扩增,测序等步骤,经过和物种数据库进行比对,从而得到具体物种信息的新型监测方法。本研究旨在获得秦岭南北两麓及不同流域的较为全面的鱼类资源、多样性调查结果,同时对于传统调查结果进行补充,并对于环境DNA技术进行优化,同时评估大坝对于此流域鱼类多样性的影响。本研究在秦岭陕西段南北两麓共设置了137个采样点,其中南麓94个、北麓43个。在采样时,我们选择采样点附近5个不同的洄水湾进行重复采样,共获得685份水样,通过过滤等步骤提取到环境DNA后进行测序获得鱼类物种组成及多样性数据。本研究主要结果如下:1.在此次调查中,总共得到了12939个OTU,通过数据筛选处理,将所得到的OTU分配到102种物种如秦岭细鳞鲑（Brachymystax lenok）、川陕哲罗鲑（Hucho bleekeri）、多鳞白甲鱼（Onychostoma macrolepis）、稀有鮈鲫（Gobiocypris rarus）、长薄鳅（Leptobotia elongata）等。由于数据库物种信息的缺失,与前人调查结果以及数据库进行对比筛选,将10种可能存在的物种如贝氏高原鳅（Trilophysa bleekeri）等作为参考数据。这102种物种隶属于12目22科70属。2.秦岭南麓存在12目22科70属共99种,北麓存在12目21科65属88种。在渭河流域南侧发现的鱼类隶属于12目21科65属88种,汉江流域发现的鱼类物种隶属于12目21科64属87种,嘉陵江流域发现的鱼类隶属于10目18科53属64种,丹江流域发现的物种隶属于11目16科53属69种。3.鲤形目的相对丰度在秦岭不同流域均最高,其次是鲶形目。其中在秦岭北麓渭河南侧的河流中,高原鳅属占比4.55%;汉江流域马口鱼属相对优势,占比4.60%;对于嘉陵江流域而言,（?）属占比最高,为4.69%;丹江流域的鳈属、鲫属占比4.35%。裂腹鱼属、吻鮈属、薄鳅属只存在于汉江流域;罗马诺鮈属、华鳅属则只存在于丹江流域。相较于其他三个流域而言,嘉陵江的白甲鱼属物种数较高;而渭河的高原鳅属物种数比其他三个流域的物种明显升高。4.在40条由大坝阻隔的河流中,多数河流的下游位点鱼类物种多样性高于上游地区,大坝可能对于鱼类物种多样性存在一定的负面影响。部分物种如尖头鱥（Phoxinus oxycephalus）和拟鲶高原鳅（Triplophysa siluroides）在上下游间的相对丰度具有显著差异、大坝对上下游之间产生了一定程度的物种隔离。此次的调查结果证明了环境DNA技术对于进行大面积、地貌复杂水域的鱼类物种多样性的调查而言具有可行性。研究对秦岭南北两麓的鱼类物种多样性进行了较为全面的监测,可以对其他同类型研究提供参考。