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2003-2004年，分别从雅砻江水系和岷江水系采集了齐口裂腹鱼，从长江上游合江江段采集岩原鲤，采用扩增片段长度多态性DNA(AFLP)和线粒体控制区(D-loop)序列变异分析，对这两种鱼的遗传多样性和种群遗传结构进行了研究，主要结果如下。
采用7对AFLP引物对齐口裂腹鱼45个个体的DNA扩增共得到621个AFLP位点，多态性位点占87.28％。雅安多营种群和雅砻江种群间的遗传距离最大，而大渡河种群、多营种群间的遗传距离较近，多营种群和宝兴种群间的遗传距离最近。种群内个体间遗传距离的顺序为：雅砻江种群＞大渡河种群＞多营种群＞宝兴河种群。多营、雅砻江、大渡河和宝兴种群的杂合度分别为0.2379±0.0330、0.2621±0.0421、0.2856±0.0483和0.2385±0.0512。用UPGMA法聚类分析发现，而青衣江种群和大渡河种群亲缘关系较近，与雅砻江木里种群亲缘关系较远。Fst为0.1276，种群间存在中度遗传分化。
齐口裂腹鱼控制区序列长度为932-937bp，终止序列区长为251bp，中央保守区长326bp，保守序列区长362bp。控制区可以识别TAS、CSB-D、CSB-E、CSB-F、CSB1、CSB2和CSB3。
对齐口裂腹鱼41个个体的线粒体控制区不完全序列(908bp)分析，多态性的核苷酸位点共78个，主要集中在终止序列区(28个)和中央保守区(32个)。41个个体的线粒体控制区序列表现为29个单倍型，可以归入2个分枝。雅砻江种群和其他三个种群的遗传距离较大，与宝兴河种群最大；大渡河种群、多营种群和宝兴种群间距离稍近，多营种群和大渡河种群距离最近。Fst为0.1656，种群间存在中度遗传分化。
采用21对AFLP引物组合对岩原鲤16个个体进行DNA扩增，根据扩增条带数为70以上的10个引物组合的结果进行统计，共得到841个位点，多态位点占48.16％。个体间的平均遗传距离为0.1249-0.2105，种群杂合度为0.1792±0.0364。
与其它一些鱼类比较表明，岩原鲤长江合江种群的遗传多样性可能不够丰富。相反，齐口裂腹鱼种群内及种群间的遗传多样性均比较丰富，尤其是地理位置比较偏僻的木里和宝兴种群，且AFLP和mtDNA控制区分析的结果基本一致。