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本研究用18cm的pH3-10、pH4-7线性预制胶条，对猪宰后15分钟内采集的蓝塘和大白(公、母均各1头)眼肌肉样开展比较蛋白质组研究，并对候选差异蛋白的编码区全序列(CDS)作RNA分析和验证，旨在筛查选育程度、遗传背景上炯异的猪种之间的差异表达蛋白，追踪相应的功能基因。结果如下：1、大白猪特异出现的蛋白点PS2，即细胞色素P450ⅡC24类似物，蓝塘猪表达丰度上调的蛋白点PS1，即细胞色素P45017A第1肽段，可作为蓝塘猪与大白猪宰后眼肌组织差异的生物标志物。2、蓝塘猪表达丰度上调的蛋白点Pro7和Pro9，即磷酸丙糖异构酶(TIM)和腺苷酸激酶同工酶(AK1)，部分解释了蓝塘猪与大白猪肌肉宰后早期的能量代谢差异，特别是由肌纤维构造不同而导致的肌糖元代谢、肉pH值、系水力和嫩度指标差异。3、大白猪表达丰度上调的Pro6蛋白和蓝塘猪表达丰度上调的Pro8，，即肌钙蛋白快骨骼肌亚型和肌钙蛋白慢骨骼肌亚型(sTnT)，是蓝塘猪慢肌(红肌)含量丰富、而大白猪快肌(白肌)比例更高，引起肌肉宰后生物化学以及肌肉嫩度(W-B剪切力值)发生变异的主要体现。4、蓝塘猪表达丰度上调Pro4蛋白，即CTNNA3 protein，由人类cDNA推导的蛋白，暂时没有任何功能注释。与转录组水平分析结果相比，蛋白质拥有完整的开放阅读框，如能结合其他分子实验验证，将是另一条更有生物学意义的发现新基因途径。