当前,中国经济已从高速增长阶段迈入高质量发展阶段,这对我国产业结构转型升级提出了更高要求。与此同时,我国数字政府建设取得显著成效。作为实现国家治理体系和治理能力现代化的关键途径,数字政府为我国产业结构升级提供了重要平台支撑,而创新驱动发展战略的深入实施也为产业结构升级提供了不竭动力。在此背景下,深入研究数字政府、区域创新能力对产业结构升级的影响,对推进新时代中国经济高质量发展具有积极意义。本文在数字治理理论、区域创新系统理论以及产业结构演进理论的基础上建立分析框架,对数字政府、区域创新能力与产业结构升级的关系进行理论分析。建立多维度的指标评价体系对我国31个省市自治区的数字政府发展指数与区域创新能力进行测度。构建面板分位数模型和中介效应模型实证检验全国以及东部、中部和西部地区数字政府、区域创新能力与产业结构升级的关系。主要研究结论有:（1）全国层面,数字政府对产业结构高级化和高技术产业发展产生促进作用,对产业结构合理化产生抑制作用。区域层面,东部地区数字政府对高技术产业发展产生促进作用,对产业结构合理化产生抑制作用,西部地区数字政府对产业结构高级化和高技术产业发展产生促进作用,中部地区则不显著。（2）中介效应检验结果显示:全国层面,区域创新能力在数字政府对高技术产业发展的影响中存在部分中介效应,对产业结构高级化存在部分遮掩效应,对产业结构合理化则不显著。区域层面,区域创新能力在东部地区数字政府对产业结构合理化和高技术产业发展的影响中存在部分中介效应,对产业结构高级化则不显著,区域创新能力在中西部地区的中介作用并不显著。（3）全国层面,数字政府对高技术产业发展的促进作用随着分位点数的提高不断增强,数字政府对产业结构合理化的影响则随着分位点数的提高由促进转向抑制。（4）我国数字政府建设持续推进,且东部地区数字政府建设水平高于中西部地区,差距仍在继续扩大。在研究结论的基础上,本文提出相应政策建议:一是加强顶层设计和基础构建,全面推进数字政府建设;二是加强区域协同创新,以创新驱动加速构建现代产业体系;三是加强多元要素投入,推动区域产业结构协同发展。