初创企业的成长得益于国家对“双创”的大力支持。全国各地都在建设孵化器,为研发人才提供设备、赞助研发经费以及公司落脚点。初创企业的成长离不开资金,尤其是像生物制药这类的高新技术企业。面对研发资金的缺口,在“上交所”及“联交所”上市政策放松的前提下,未盈利的医药公司也能够在股市中分一杯羹。处于初创期的生物制药企业为弥补研发资金的空缺,纷纷上市,寻求新的血液注入企业。虽然生物制药企业受到资本的追捧,但是缺乏专业知识及评估能力的投资者们却很难从中选择优质企业。基于此,本文从合理评估生物制药企业的整体价值这一目的出发,把理论和实际案例结合起来。在对处于初创期的生物制药企业的特征及价值影响因素挖掘的基础上,对各类评估方法的适用性进行分析对比,然后提出生物制药企业整体价值等于各个管线的价值之和,并且根据管线研发所处阶段及成功率分情况对管线的进行价值评估。对于处于临床前研发阶段的管线运用成本法评估;对处于临床试验阶段的管线运用复合实物期权评估和现金流折现法结合评估。除此之外,对初创生物制药企业价值评估时,运用灰色马尔科夫模型,根据药物市场历史数据对市场预测,为企业价值评估提供了数据支持。本文研究认为,不同的评估方法在不同的领域具有其特有作用。对于初创生物制药企业来说,成本法适用于刚刚投入且前景不明朗的管线评估,而复合实物期权则适用于阶段性明显的管线研发项目潜在价值评估,现金流折现法则能够对管线的现有价值进行评估。在运用案例分析后,发现本文所提出的评估模型比仅仅使用一种评估方法更加准确,且运用复合实物期权能更好地对生物制药企业的潜在价值评估。该评估模型的提出,有利于为之后处于初创期的生物制药企业上市价值评估提供一定的参考。