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水稻籼粳交的育种目标是扩大双亲的遗传差异,克服不良性状,利用优良性状间的互补,实现亚种间杂种优势利用。本研究以珍汕971B/秀水13和珍汕97B/辽91B等两个群体通过系谱法选育获得的41个F9代品系为材料,采用程氏分类法及SSR分子标记鉴定相结合对其籼粳属性及籼粳成分进行系统分析对比。同时,利用上述品系与4个不同籼粳类型的两系不育系配组,在前人育性QTL定位的基础上,根据杂种一代的育性表型,探讨籼粳交后代品系育性等位基因来源、作用方式,评价上述育种品系在籼粳交上的育种价值,为培育优异的籼粳交种质提供理论参考。主要结果如下：1、程式指数法(形态指数分类)分类结果表明：41个籼粳交后代品系可分为10个籼型,24个偏籼,5个偏粳和2个粳型。采用41个SSR分子标记进行分子鉴定,以籼粳属性判别值(Di)和籼粳稻成分指数值为划分定性指标,可将上述品种分为2个籼型,35个偏籼型,4个偏粳型,平均粳稻成分指数分别为8.12%、34.51%和77.23%。形态指数分类和SSR分子标记分析结果相关系数为0.76,呈极显著正相关,表明两种籼粳分类法均可反映籼粳交后代品系的籼粳分化程度。而基因DNA水平上的分子鉴定分类法更为客观、可靠。2、采用DPS软件对不完全双列杂交配制的176个籼粳交F1的结实率进行方差分析结果表明：4个两系不育系配组Fl结实率高低依次为：培矮64S>272S>HS-3>N5088S,这与供试品系在籼粳分类上大多偏籼有关。41个籼粳交后代品系配组F1结实率的均值根据结实率高低可分为4类,即10个品系亲籼又亲粳(平均结实率78.9%),24个品系仅亲籼(平均结实率71.5%),3个品系仅亲粳(平均结实率65.0%),4个品系则两者均不亲和(平均结实率60.7%)。表明采用系谱法育成的偏籼型材料后代品系与籼型不育系的亲和力较好。3、根据珍汕97B/秀水13和珍汕971B/辽91B两群体的育性QTL定位结果,结合籼粳杂种一代的结实率表型,以及各品系相关育性基因的SSR分子检测综合分析。结果表明：珍汕97B/秀水13的22个后代品系中有16个品系与籼型不育系272S配组的F1代结实率在75%以上；上述品系育性基因存在来源于珍汕97B的等位基因,且广亲和基因qSPF6-1可有效提高杂种一代的结实率；4个即亲籼又亲粳的后代品系的育性基因均存在来自双亲的等位基因；而育性基因均来自秀水13的4个品系与籼型不育系272S配组F1结实率均较低(均值为51.9%),在与粳型不育系N5088S配组F1结实率仍有2个组合结实率大于74%。在不存在广亲和基因的珍汕97B/辽91B的后代品系配组F1共有5个品系即亲籼又亲粳,13个品系亲籼,1个品系亲粳。上述F1代的育性遗传方式较为复杂,这与其定位的qSPF6-2和qSPF8的作用方式(显性效应为主)和遗传贡献率较低有关,后代的育性可能还受其他因素影响。4、杂种F1结实率与后代品系的粳稻成分(Xj)相关性分析表明,后代品系的粳稻成分(Xj)与272S、HS-3和培矮64S杂交F1结实率的相关系数为-0.79**、-0.77**和-0.56**,呈极显著的负相关而品系的粳稻成分(Xj)与亲粳性未达显著水平。这一结果表明,籼粳交后代品系的亲籼型不仅受育性基因影响,且与其本身的遗传背景密切相关,适度的籼粳遗传成分有利于提高杂种一代的结实率。5、在水稻籼粳交育种上,系谱法多代选择可有效获得符合育种目标的中间品系,偏籼型株系不仅有利于创建大穗重穗型超级杂交稻的理想株型,且在遗传成分上可适度加大遗传距离,在提高后代结实率的基础上,获得强大亚种间杂种优势。