随着经济发展和人口老龄化,药品需求上升,医药产业成为本世纪最具活力和最有潜力的高新技术产业,在提高人民生命健康水平的同时,带来巨额的经济效益。医药研发投入高、风险大、周期长,涉及专业面广,参加人员多,操作复杂。根据结构决定功能的系统理论,医药企业研发组织结构的设计是否合理,会直接影响到其功能的发挥,影响到研发效率和企业的生存发展。本论文在文献研究的基础上,首先分析了南京市医药产业发展状况和医药研发的过程特点,并选取南京市三家医药高新技术龙头企业作为研究对象,对南京市医药企业研发组织结构典型案例进行学理分析。解析其研发组织结构的主要类型及差异性,提出各种研发组织结构的优缺点,探讨南京市医药企业高效研发组织结构的特征。而后,提出南京市医药企业高效研发组织结构特征概念模型,并通过对南京市医药企业研发组织结构的问卷调查和数据分析,对前面章节提出的概念模型和初步结论进行验证和优化,得出一般模型和结论。最后,针对南京市医药企业研发组织结构存在的主要问题,提出其设计原则、思路和对策建议。本论文的主要研究结论是:南京市医药企业研发组织结构主要有职能式、项目式、平衡矩阵式和强矩阵式等不同类型;企业组织结构的差异性主要源于其不同的研发组织规模、发展阶段、创新战略和环境变化因素等。不同的组织结构各有利弊,要根据其实际需要来选择合适的类型。随着研发组织规模从小到大,其组织结构往往经历从职能式、项目式向平衡矩阵式、强矩阵式发展的过程。对于具有一定规模的企业研发组织,采用平衡矩阵式组织结构的比较普遍,且相对其它类型的组织结构显现出比较高的研发效率。南京市医药企业研发组织结构特征变量中按照对研发效率的影响强度,分为三个等次,第一个等次为专业化、项目化、分权化、扁平化等四个特征变量,属于强影响变量;第二个等次为无边界化、国际化、小型化、分散化等四个特征变量,属于中度影响变量;第三个等次为柔性化特征变量,属于弱影响变量。