随着工业发展,大量被有机染料和化学品污染的废水被排放到环境中,造成日益严重的水环境污染环境问题。印染废水中的染料及其中间体在环境中极难降解,易残留,同时具有毒性、致癌和致畸变性,可能随着食物链流入人体;并且染料会增加水环境的BOD、COD,减少光穿透,对水生动植物十分不利。染料对环境和人体健康造成严重破坏,长期以来一直备受关注。通过物理化学方法脱色染料具有成本高、效率低、二次污染的风险。近年来,利用生物脱色处理这些染料污染物越来越有前景。本研究前期提取废水处理系统活性污泥中的DNA来构建宏基因组文库,通过有限培养基富集法筛选能够使三苯甲烷类染料脱色的克隆,然后通过亚克隆的方式从中筛选功能性脱色酶。从6个不同的克隆中获得同一个可以使三苯甲烷类染料孔雀石绿（Malachite green,MG）脱色的基因,该基因编码一种小的多药耐药蛋白（small multidrug resistance protein,SMR protein）,根据其蛋白家族和使三苯甲烷类染料脱色的性质将其命名为triphenylmethane transporter（tmt）。将tmt克隆到p UC18载体上,含有重组质粒的大肠杆菌有使MG脱色的性能。在37℃摇床培养条件下,含有tmt的重组大肠杆菌菌株在18 h内对MG（100μg/m L）的脱色率为98.9%。在静态条件下,36 h内脱色率达89.5%。同样,转运蛋白Tmt使得菌株对包括结晶紫（Crystal Violet,CV）和亮绿（Brilliant green,BG）在内的其它三苯甲烷染料的抗性也得到了显著提高。为研究Tmt作为转运蛋白的关键位点,使用overlapping PCR对tmt进行定点突变（第17、43、46、49、51、59、75、100位）,结果表明,测试位点对于对三苯甲烷染料而不是偶氮染料的抗性至关重要,尤其是第75和100位。抗生素耐药性测定显示,Tmt蛋白改善了重组菌株对环丙沙星（Ciprofloxacin,CIP）、氯霉素（Chloramphenicol,CML）、美罗培南（Meropenem,MEM）和利福平（Rifampin,RIF）的耐药性,但没有改善对四环素（Tetracycline,TET）和氨曲南（Aztreonam,AZM）的耐药性。当添加外排泵抑制剂奥美拉唑时,重组菌株对染料或抗生素的抗性降低到阴性对照的水平,表明Tmt确实作为一种外排泵蛋白发挥作用,可以转运三苯甲烷染料和一些抗生素。它为使用组合生物过程处理环境污染物（如三苯甲烷染料和抗生素）提供了巨大的前景。