随着我国科技体制改革深化,科研院所逐渐加入到市场竞争中。在国家把科技创新摆在重要战略地位,以及不断增加科研项目投入的大背景下,科研院所想要在市场中获得一席之地,必须重视对科研项目的管理。但是我国一些科研院所在长期发展过程中,并未重视对科研项目管理的内部控制,导致资源配置不合理、资金使用效率低下等问题。日积月累的风险会影响科研院所的持续发展,完善科研项目管理的内部控制迫在眉睫。本研究采取文献研究法、案例研究法和实地调查法,以内部控制理论和科研项目管理相关理论为基础,选取A研究院为研究对象,通过实地调查访问获取相关资料,从内部环境、风险评估、控制活动、信息与沟通和内部监督五个方面,对A研究院科研项目管理内部控制的现状进行深入研究,剖析存在的问题和原因。通过研究发现A研究院在科研项目管理中,主要存在组织结构不合理,财务控制不严谨、信息不对称等问题。针对这些问题,本文依据《行政事业单位内部控制规范（试行）》的指导,结合科研项目生命周期的特点,以及A研究院自身情况,提出内部控制的优化设计。得出结论:A研究院科研项目管理的内部控制要从科研项目全生命周期出发,重点加强预算管理、成本管理方面的控制,同时通过设置独立的内控职能部门,优化单位信息系统,完善内部监督制度来强化内部控制。本研究对A研究院科研项目管理进行了内部控制优化设计,也为其他科研单位在科研项目的内部控制构建提供参考。