【摘 要】
:
pRNA(prohead RNA)作为噬菌体分子马达的重要组成部分,能够承受在DNA进入衣壳体过程中产生的巨大的力,强大力学稳定性在生物体内药物运输,癌症的治疗等方面具有良好的应用前景,因此,对pRNA的深入研究具有重要意义。但是目前除了 phi29 pRNA,关于其他pRNA的研究还处于起步阶段,一个重要原因是它们的三级结构没有通过实验解析出来,缺乏相关的实验数据。因此我们通过同源模建的方式来构
论文部分内容阅读
pRNA(prohead RNA)作为噬菌体分子马达的重要组成部分,能够承受在DNA进入衣壳体过程中产生的巨大的力,强大力学稳定性在生物体内药物运输,癌症的治疗等方面具有良好的应用前景,因此,对pRNA的深入研究具有重要意义。但是目前除了 phi29 pRNA,关于其他pRNA的研究还处于起步阶段,一个重要原因是它们的三级结构没有通过实验解析出来,缺乏相关的实验数据。因此我们通过同源模建的方式来构建它们的三级结构,在此基础上研究它们的结构稳定性。本文首先采用同源模建的方法,构建GA1和SF5 pRNA中三叉结构域(three way juntion,3WJ)的三级结构,再运用拉伸动力学(steered molecular dynamics)的方法,从分子尺度研究这两个3WJ-pRNA的结构稳定性,并且探究这种稳定性的产生机理。1、GA1和SF5 pRNA与phi29 pRNA一样,都是枯草芽孢杆菌噬菌体分子马达的一部分,这三个pRNA在二级结构上具有非常高的相似性。通过分析不同同源模建服务器对phi293WJ-pRNA结构的预测效果对比,RNAcomposer能够非常准确的预测phi29 3WJ-pRNA。在此基础上,将该服务器运用于GA1和SF53WJ-pRNA三级结构的预测,得到GA1和SF5 3WJ-pRNA的结构,这两个3WJ-pRNA同轴螺旋之间的大沟都非常的狭窄。接着将两个Mg2+离子放进大沟中,发现每个Mg2+离子能够与RNA的两条链结合形成镁离子钳,由此得到研究结构稳定性的初始结构。此外我们也通过将3WJ-pRNA与别的两种3WJRNA(比如VSribozyme和group Ⅱ intron)进行对比,发现要形成镁离子钳,需要形成大沟的碱基上的磷酸基团指向大沟内部,同时我们也猜测了不利于镁离子钳形成的两个序列特征:1)同轴螺旋之间的存在未配对的碱基;2)三叉结构域(3WJ)的中心结处有未配对的腺嘌呤。2、与phi29 3WJ-pRNA结构稳定性类似,GA1和SF5 3WJ-pRNA在同轴方向上也表现出对外力的巨大抵抗作用,这种强大的力学稳定性对发挥pRNA的功能具有重要意义。从分子层面上观察,3WJ-pRNA的结构稳定性来源于同轴方向上两条螺旋结构的大沟中间存在着两个镁离子钳,这两个镁离子钳通过协同作用将同轴的两条螺旋牢牢的拉扯住,从而使得结构在同轴方向具有稳定性,这也与之前phi29 3WJ-pRNA的结果一致。
其他文献
缪子自旋弛豫(μSR)是一种利用缪子作为局部磁探针来研究不同材料体系物理性质的实验技术,被广泛用于研究磁性和超导材料。本论文主要利用缪子自旋弛豫对CeRh6Ge4和(TB A)xFeSe这两个关联材料的性质进行研究:(1)CeRh6Ge4作为首个被发现的纯净铁磁量子临界材料已经引起广泛关注。为了研究CeRh6Ge4的铁磁序,本文对其进行了中子粉末衍射和零场μSR测量,中子粉末衍射结果表明CeRh6
近半世纪以来,复杂金融系统愈发受到物理学界的关注。从统计物理的角度看,基于区块链的加密货币市场是一个典型且新颖的具有多体相互作用的复杂系统,与传统的物理复杂系统具有相似性。过去几年加密货币市场迅速成长,它从一个边缘的金融体系成长为中等规模的主流市场,逐渐展现出传统主流金融市场所具备的一些统计物理特性。加密货币市场提供了新的视角,使得我们可以研究一个复杂金融系统从不成熟到成熟状态演化的动力学行为。本
在托卡马克装置H模放电过程中,等离子体边界常伴随着周期性的边缘局域模(ELM)。通常认为ELM不稳定性是由边界的压强梯度和局域电流共同驱动,并根据二者驱动的强弱划分为以压强梯度驱动为主导的气球模、电流驱动为主导的剥离模和二者共同驱动的剥离-气球模。本文利用大型环位形托卡马克磁流体模拟程序(CLT)和新开发的自由边界偏滤器位形的环向流平衡代码(CLT-EQ),线性模拟研究了边缘局域模不稳定性,主要通
目的:探究基于品管圈的多学科联合干预策略在提高母婴分离下早产儿初乳喂养率中的应用效果。方法:在某三甲妇产儿童专科医院的新生儿科中实施基于品管圈的多学科联合干预后,观察2020年1—4月早产儿初乳喂养率、母亲母乳喂养意愿、护士实行初乳喂养依从性及圈员能力改善情况。结果:母婴分离下早产儿初乳喂养率由干预前的63.59%升至干预后的88.39%,目标达成率为109.83%。住院早产儿母亲母乳喂养意愿及护
随着光子学、纳米光学、等离子体光学等领域的发展,人们更加关注光场在波长尺度范围内的行为,此时光子自旋轨道相互作用(Spin-Orbit Interaction,SOI)占据了非常重要的地位。光子SOI是近年来现代光学中发展起来的热点研究课题,引起诸如光子自旋霍尔效应(Spin-Hall Effect,SHE)、自旋依赖光学涡旋、自旋-动量锁定等等许多新奇光学现象的产生,推动了手性量子光学、拓扑光子
自圆形艾里光束被提出后,其独特的自聚焦性质受到了研究者的广泛关注。在圆形艾里光束的基础上,研究者们研究了部分相干圆形艾里光束、径向偏振圆形艾里光束、携带特殊相位的圆形艾里光束、椭圆艾里光束等等光束及其传输特性。这些光束在具有自聚焦性质的同时拥有其他的特性,并且为光束在粒子操控、光通讯和激光医学方面的应用提供了理论基础,也证明了圆形艾里光束以及其拓展光束在多个领域具有巨大的应用价值。在此背景下,本文
非平衡系统中材料的拓扑性质是近年来的一项热议话题,除了如何在非平衡条件下定义各种拓扑量以外,将平衡体系转变为非平衡体系从而展现更多的奇异性质,为材料研究和相关物理现象的研究提供了新的平台。其中,周期驱动的Floquet系统在理论和实验中都取得了重大成功,特别是在冷原子体系中已经可以产生周期驱动的光晶格,而不同的驱动方法对材料能够施加不同的影响。材料的拓扑性质在Floquet驱动前后也可能不同,Fl
雷暴过程会产生多频段的射电辐射以及X射线和γ射线等高能辐射。其中高频段的射电辐射主要包括下行负地闪中的射电辐射以及与闪电预击穿过程相关的窄偶极性脉冲事件(NBEs)。这些辐射会对无线通信和电子器件造成严重干扰,并危害人体健康,因此研究闪电的不同辐射机制不仅能促进闪电物理科学的发展,对闪电灾害防护也有重要指导意义。雷暴过程中,射电辐射和高能辐射往往会同时出现,并与闪电梯级先导传播过程中的梯级先导尖端
在未来高能电子-强子对撞机(LHeC)通过弱作用玻色子融合是产生希格斯玻色子的一个重要的过程,使用前向标记喷注可以用来研究希格斯玻色子与其他费米子尤其是底夸克耦合的性质,为了减小信号过程的不确定性,辐射修正的影响必须被考虑进去并做精确计算。本文对弱玻色子融合的带电流过程ep→vejH进行了完整的次领头阶电弱修正计算,使用在壳重整化和dipole减除法分别将紫外发散和红外发散消掉,结合MadLoop
弹性被认为系统的一种固有属性,指的是系统对外部干扰事件的抵抗能力以及从创伤事件中恢复到正常水平的能力。目前,多数研究都是从一次干扰事件开始到一次恢复事件结束这一过程来讨论系统弹性,很少研究多次干扰事件与多次恢复事件下系统的弹性变化。因此论文以舰船防御系统为基础,重点提出了攻击防御恢复策略(Attack Defense Recovery Strategy,ADRS),强调了具有作战能力的节点在恢复任