Q医药制造企业作为高新技术企业,具有高研发、高风险和高回报特征,蕴含很强的技术研发性质。在医药自主创新战略背景下,我国医药行业对创新药物的市场需求大幅增强,因此Q企业最近几年加大了技术创新的投入,但高投入没有带来高回报,其亏损较多,制约着Q医药制造企业向更高水平发展。随着经济全球化和国际竞争的日益激烈,以及2020年新冠疫情的爆发,这要求医药企业生产出更为高效的医药产品,使得Q医药企业面临着更为激烈的竞争压力。提高Q企业技术创新效率并寻找关键影响因素已成为其提高企业竞争力、获得可持续发展的必经之路。通过借鉴国内外有关技术创新效率评价和方法的研究。首先,本文将Q医药制造企业创新活动划分为技术研发和成果转化两个阶段,进一步考虑医药资源的共享性,构建Q医药制造企业共享投入技术创新活动系统。其次,依据建立的系统建立评价指标体系,为得到Q医药制造企业更为全面的分析结果,考虑分别从静态和动态角度进行建模。静态上,针对现阶段对专利指标质量考虑的不足,将作为中间变量的专利授权数进行等级划分并将其融入到共享投入两阶段网络结构中,建立含专利分层结构的共享投入两阶段DEA模型。动态上,针对现阶段DEA-Malmquist指数模型未考虑子阶段之间相互作用的不足,建立共享投入两阶段DEA-Malmquist模型。再次,根据模型得出的评价结果对Q医药制造企业进行静态和动态的分析。最后在借鉴前人技术创新效率影响因素相关理论的基础上提出假设,运用Tobit回归模型进行回归分析并提出对策建议。结果显示,Q医药制造企业技术研发效率过低,距离整体均值较远,成果转化效率与均值相差不大,但仍处于均值以下,其经济转化能力不够;Q医药制造企业技术效率一直偏低呈现下降趋势,虽然技术进步一直增强,但也无法弥补技术效率带来的下降趋势,技术创新效率的下降主要来自于技术效率的退步;研发资本投入强度对Q医药制造企业技术创新效率未见显著影响,高素质人才投入强度与企业成长能力产生显著正向影响,而企业规模与政府支持产生显著负向影响。针对以上结论,对Q医药制造企业提出搭建高水平研发基地,提升技术研发效率;精准研发,减少盲目投入,提升资源利用率;引进高素质人才,培养科研人员创新能力;适当扩展规模,调整营销结构;减少政府干预,依靠市场激发创新活力相关建议。