本研究对小麦矮腥黑穗病菌(Tilletia controversa)及其近似种小麦网腥黑穗病菌(T.caries)和小麦光腥黑穗病菌(T.foetiaa)进行了rDNA-ITS、rDNA-IGSF序列分析及ISSR分析,设计了2对特异性引物,分别用于小麦光腥黑穗病菌和小麦矮腥黑穗病菌的分子鉴定和检测。　　 用小麦矮腥黑穗病菌冬孢子进行了萌发试验,从萌发的冬孢子培养获得了菌丝体,为后续用菌丝体提取DNA进行分子生物学试验提供了充足的试验材料。　　 对小麦矮腥黑穗病菌及其2个近似种小麦光腥黑穗病菌和小麦网腥黑穗病菌的rDNA-ITS进行了测序,并结合GenBank中已登录的这3个种的其它菌株及腥黑粉属其它6个近缘种的共49条ITS序列进行了聚类分析。结果表明,所有菌株可以划分为3个分支,小麦矮腥黑穗病菌及其2个近似种的ITS区序列相似性很高,划分在同一分支。rDNA-ITS序列只能用于腥黑粉菌属中部分种的区分,不能将小麦矮腥黑穗病菌与其近似种区分开。　　 对小麦矮腥黑穗病菌及其近似种的IGS区进行了PCR扩增和序列测定。通过序列比对发现,在IGS1区小麦光腥黑穗病菌与2个近似种:小麦矮腥黑穗病菌和小麦网腥黑穗病菌存在明显的碱基差异。据此,设计了一对特异性引物,在小麦光腥黑穗病菌中可特异性地扩增出一条1468 bp的条带,检测灵敏度为100 pg。　　 对小麦矮腥黑穗病菌及其近似种进行了ISSR分析,从其ISSR图谱中找到了一条小麦矮腥黑穗病菌的特异性条带,而其近似种中均没有该条带.对特异条带进行了回收、克隆和测序,并依据该序列设计了扩增小麦矮腥黑穗病菌的特异性引物,扩增产物为882 bp,检测灵敏度为1 ng,可用于小麦矮腥黑穗病菌的分子检测。