我国当前社会正处于转型时期,高等教育的生存和发展环境发生了根本性的变化,研究转型期政府、市场和高等教育的关系与特点,加大高等教育改革力度,促进高等教育的健康发展,具有重要的现实意义。改革开放30年来,我国高等教育改革经历了恢复调整、酝酿改革、积极探索、规模发展四个阶段,取得了较大的成就,但也存在着许多的问题,比如尚未根本改变大学依附于政府的行政管理模式、高等教育中介组织不发达等等。在对问题进行详细分析的基础上,我们试图寻找强大的理论来指导我国当前高等教育改革的方向。治理理论因其巨大的影响力,在诸多社会科学领域中得到了广泛应用,充分显示了它的强大生命力。治理理论对于社会实践强大的指导作用,让我们找到了高等教育发展与改革的理论依据。文章在首先明确高等教育第三部门属性的基础上,确定了高等教育第三部门的社会组织地位,进而依据治理理论提出了在高等教育领域构建政府、市场和第三部门共同参与的多元协商治理模式。在高等教育的多元协商治理模式中,政府应该是“有限政府”,政府通过宏观调控,把握高等教育发展与改革的方向；通过不断扩大对于高等教育的投入,满足公众对于高等教育的需求,保障高等教育的社会公益性,促进高等教育治理的良性发展。市场机制可以利用其在资源配置方面的优势在高等教育治理过程中发挥巨大作用。高等教育机构通过向学生适当收取学费,让公众分担一部分办学成本；通过走产学研的道路,提高自身可持续发展的水平和能力；大力发展民办高等教育,弥补高等教育资源的不足。市场机制虽然在高等教育领域能够发挥积极作用,但是我们也要看到市场本身的缺陷,通过采取积极措施,避免高等教育走向市场化的误区。第三部门也是高等教育治理的主体之一,高等教育中介组织利用自身学术性、专业性的优势,向政府和社会提供信息咨询服务,使得政府和市场更好的参与高等教育治理过程。第三部门也是高等教育供给的重要力量,第三部门供给高等教育一方面可以弥补高等教育资源的不足,另一方面还可以满足公众对于高等教育多样化的需求。第三部门在政府与高等教育、市场与高等教育之间起到一种协调与沟通的作用,缓和矛盾,增进合作,促进高等教育治理的协调发展。就像市场失灵和政府失灵一样,高等教育治理作为一种公共管理过程,其本身不具有强制力和约束力,可能会出现治理失灵的现象。因此,我们必须通过培育成熟的公民社会、追求共同的价值目标、完善有关的法律体系、公正透明的信息公开制度来建设高等教育治理的外部环境、公共价值、保障制度和权力制约机制,从而多元主体共同参与的平等协商对话机制,创建高等教育的治理模式,促进高等教育的和谐、进步与发展。