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本研究对401份胡麻种质进行表型变异和SRAP标记的遗传多样性分析,构建了关联群体。通过全基因组重测序技术对269份胡麻关联群体进行全基因组关联分析,获得了产量和品质相关性状显著关联的SNP位点和候选基因,并NR、Swiss-port、KEGG、GO数据库进行基因功能注释。主要研究结果如下:1.401份胡麻种质的14个表型性状平均变异系数为17.87%,平均遗传多样性指数为2.132。用26对SRAP引物评价了胡麻核心种质,共扩增出234个多态性条带,多态性信息量(PIC)平均为0.60;聚类分析结果显示,将401份胡麻资源分为2大类和7个亚类,与国内外7个不同地区来源吻合。2.对269份胡麻品种进行重测序获得了 1.3684Tb的有效序列数据,与胡麻参考基因组平均比对率为96.32%,碱基GC含量平均值为38.57%。平均测序深度为 12.55。得到了 1,069,106个SNPs,分布在4037个Scaffold上。3.胡麻产量相关性状获得了 21个显著SNP位点和57个候选基因,其中株高5个SNP为scaffold9:516785、scaffold977:291500、scaffold297:924133、scaffold345:220084、scaffold182:630023,获得14个候选基因;工艺长度4个SNP 为 scaffold123:1933585/1934089、scaffold2404:110872/111109,获得 15个候选基因;分枝数2个SNP为scaffold31:1694349/13273,获得5个候选基因;株果数1个SNP为scaffold462:594151,获得7个候选基因;千粒重3个SNP为 scaffold261:57823、scaffold373:565281、scaffold107:55172,获得5 个候选基因;果粒数2个SNP为scaffold1037:394952、scaffold312:72968,获得8个基因;单株粒重2个SNP为scaffold31:960134/964139,获得1个候选基因;全生育日数2个SNP为scaffold376:38235/30001,获得2个候选基因;显著性-log(P)阈值分布范围为6.24-10.65;显著性SNP对表型的解释率为6.76-12.97%。4.胡麻品质相关性状获得了 19个显著SNP位点以及43个候选基因,其中亚麻酸8个SNP为scaffold86:981127、scaffold242:110610、scaffold313:25935、scaffold729:255875、Scaffold51:164258、scaffold244:33159、scaffold931:286930、scaffold1302:686,获得17个候选基因;粗脂肪2个SNP为scaffold196:551524/567328,获得 3 个候选基因;硬脂酸 3 个 SNP 为 scaffold 132:133025、scaffold1216:172262、scaffold11:89557,获得 7 个候选基因;油酸 3 个 SNP 为scaffold199:241878/243225/243225,获得 5 个候选基因;亚油酸 1 个 SNP 为scaffold123:2041205,获得 6个候选基因;棕榈酸2 个 SNP 为scaffold175:581966/580540,获得5个候选基因。显著性-log(P)阈值分布范围为6.04-8.75,显著SNP对表型的解释率为5.62-11.04%。5.胡麻花和叶片相关性状的关联分析获得了 11个显著SNP位点以及28个候选基因,其中花色获得了3个显著SNP位点(scaffold701:840107、scaffold736:250888、scaffold1639:8420)和8个候选基因;花冠形状共检测到了 3个显著SNP位点(scaffold811:44136、scaffoldl370:15031、scaffold695:22509)和6个候选基因;花药色共检测到了 1个显著SNP位点(scaffold910:31728)和5个候选基因;叶色检测到了1个显著SNP位点(scaffold211:69126)和4个候选基因;叶形检测到了 3个显著SNP位点(scaffold67:579267、scaffold76:1474090、scaffold51:1093344)和5个候选基因。