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分子标记辅助选择(MAS)通过与目标性状紧密连锁的分子标记进行选择从而达到对目标性状的选择，与传统的育种方法相比，具有明显的优越性。马氏珠母贝是世界上用来生产海水珍珠的主要贝类，具有极高的经济价值。目前，马氏珠母贝的育种方法还是主要采用传统的选择育种。为了提高其育种效率，有必要在马氏珠母贝中开展MAS育种。 本文以遗传作图获得的QTL标记为基础，利用ARMS-PCR和MALDI-TOFMS技术，对QTL标记进行初步验证，然后利用已验证的标记对亲本的基因型进行分型，建立不同的基因型组配，剖析QTL实际的遗传效应。主要结果如下: 1.对部分QTL标记在G3群体中进行了初步验证，发现QTL1标记与软体部重和闭壳肌重显著相关，优势基因型为GG; QTL2标记与壳长、铰合线、软体部重和闭壳肌重显著相关，优势基因型为AT。对QTL3、QTL4标记在G4群体和湛江养殖群体中进行了初步验证，发现QTL3标记在这两个群体中均与壳高、壳长、壳宽和总重显著相关，优势基因型为GT; QTL4标记在G4群体中与壳宽显著相关，而在湛江养殖群体中与壳高显著相关，优势基因型为AG。利用这两个标记SNP构建二倍型，C1(AAGT)在湛江养殖群体中及D1(AGGT)和D2(AAGT)在G4群体中对马氏珠母贝生长最为有利。 2.利用已验证的QTL2标记和QTL5标记构建基因型组配:AAAT×AAAT(30号组配);GGTT×GGAT(31号组配)。对其遗传效应进行分析，发现QTL2标记优势基因型组配后其优势基因型的遗传效应小，QTL5标记GG优势基因型组配后的遗传效应大，QTL2和QTL5标记优势基因型对生长性状的影响具有聚合效应。 3.QTL8标记在30号组配中与壳高、壳长和总重显著相关，AG为优势基因型，而在31号组配中与生长性状相关不显著，其他标记在组配中表现为单态或与生长性状关联不显著。对QTL2、QTL6、QTL8、QTL9和QTL10标记在30号组配中进行了连锁不平衡分析，筛选了9个频率较高的单倍型，多态位点组合效应分析得到5个影响马氏珠母贝生长的优势基因型组合。上述的研究结果将为马氏珠母贝的基因型选择育种实践奠定基础，从而促进马氏珠母贝遗传育种的发展。