随着信息技术的发展,以美国、日本、欧洲为代表的发达国家和地区己经通过立法和司法实践开启了“与计算机程序相关发明”的专利保护之门。同时,随着因特网的高速发展,电子商务己经渗透到了社会的各个方面,结合计算机程序和商业方法的“电子商务中的商业方法”的专利保护日益成为了人们关注的焦点。然而,在我们对商业方法的可专利性普遍认可的同时,亟待解决的问题是如何进行专利保护?美国在商业方法专利制度选择上的失衡已经为我国提供了前车之鉴,对于哪些商业方法具有可专利性,而对这些商业方法的实质要件审查又应该采用一种什么样的标准?这正是我们现在要思考的问题。本文通过对比分析美、日、欧在商业方法专利保护上的立法异同,设计出适合我国现实国情的商业方法专利保护制度。本文首先辨析了“计算机程序”、“计算机软件”、“与计算机程序相关的发明”、“传统商业方法”及“商业方法专利”等概念的异同,界定了专利法视野中的商业方法的定义及特征。然后,文章在充分肯定了商业方法的可专利性的同时,对比分析了各国对可专利主题的要求的异同,确定了技术性质在判断可专利主题时的重要性,并明确了初步技术性质的判断标准。其次,文章针对2000年以来出现的商业方法专利泛滥的新情况,对商业方法过度保护产生的问题,特别是对网络经济的负面影响进行分析。从法理学和经济学角度考查商业方法专利保护的利益平衡。最后,文章对比分析了美、日、欧在实质性审查方面存在的分歧,提出应该采用较严格的三性审查标准。特别是创造性审查,创造性体现不应该仅仅是方法本身的创造性,而应该体现在技术性方面——不管是作为部分还是整体方案的技术性。本文最终的目的乃是立足中国的国情,通过分析我们目前所面临的国内外环境,对电子商务中的商业方法采用专利保护的利弊分析,关注国内立法和审查指南的最新修改,分析将该主题纳入专利保护的可行性。并从立法、审查实践等多方面提供了值得借鉴的思考和对策。