转基因植物是现代生物技术的重要内容，已经在农业生产中被广泛应用，在对传统农业造成了巨大冲击的同时带来了农业领域的技术革命，并且带来了巨大的经济效益。在经济全球化背景下，知识产权保护也成为各国发展经济和参与国际竞争的关键因素之一。世贸组织任何成员如果知识产权保护不力，将遭到国际贸易上的多方面制裁。因此完善的植物知识产权保护制度不但是现代农业建立和发展的要求，也是我国应尽的国际义务。构建完善的转基因植物知识产权保护法律体系，将有利于我国的育种技术创新和种子产业融入世界经济一体化中，对推动我国转基因生物技术的发展和农业产业发展将产生积极的深远的影响。本文的研究就是基于这样一个背景展开的。　　 本文在研究上基于法学学科，并结合其他学科理论，主要运用文献分析法、历史分析法、比较分析法及实证分析法等方法，着力于转基因植物知识产权保护法律制度的构建。　　 本研究在借鉴和总结国内外已有研究的基础上，通过对转基因植物知识产权保护的背景进行分析，并深入分析转基因植物知识产权保护中的基本理论，包括转基因植物知识产权保护基本原则、利益衡平理论和农民权理论。同时，对转基因植物知识产权保护有关的国际组织与公约、以美国、欧盟和日本为代表的西方发达国家和地区以及典型的发展中国家和地区的保护制度、措施和模式进行比较分析，并总结经验启示；对我国当前转基因植物发展、产业化现状进行明晰，重点分析品种制度、专利制度、地理标志和商业秘密等我国转基因植物知识产权保护的相关法律规定，剖析我国转基因植物知识产权法律保护方面存在的问题，深入分析转基因植物知识产权法律保护中的利益博弈。　　 在以上研究的基础上，构建一套适合我国国情和促进生物技术发展的转基因植物知识产权保护法律制度，主要对转基因植物的植物品种保护、专利保护、地理标志和商业秘密保护制度进行具体完善，根据我国的具体国情应通过“十年计划三步走”战略逐步实现专利保护的单轨式模式，对转基因植物技术成果的利益分享制度作出相关安排。最后，提出本文研究结论和转基因水稻知识产权保护建议。