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与其他生态类群的水生生物相比，浮游生物虽个体微小，但数量极多，代谢活动非常强烈，因此在生态系统中起着极重要的作用。本文以淡水湖泊浮游生物群落为研究对象，利用DNA指纹技术进行了以下研究：
1.对武汉东湖5个不同营养水平湖区浮游生物群落DNA进行了RAPD指纹分析，并探讨了DNA指纹结构与主要环境理化因子的关系。筛选的9条随机引物共扩增210条大小为150～2000 bp的谱带，其多态率为93.3％。各站点平均有42条谱带，其中IV站最多(53条)，V站最少(35条)。I站的PO4-P、T-P含量最高，V站的NH4-N、T-N、NO2-N含量最高，IV站各理化指标均较低，站点间COD、碱度、硬度、钙含量差异不大。聚类分析表明，基于RAPD标记的浮游生物群落指纹将5个站点划分为两类——I、II、III站聚为一枝，IV、V站聚为另一枝，与湖区主要理化因子的聚类结果是一致的。表明东湖不同湖区浮游生物群落DNA指纹与其环境理化因子的统计分析结果相吻合。这类资料的积累将为建立简易、有效的水资源质量评价体系提供科学依据。
2.DGGE指纹技术分析桥墩湖、牛山湖浮游生物群落18S rDNA图谱结构，比较两湖泊真核浮游生物组成差异，进而研究真核浮游生物群落18S rDNA图谱结构与其环境理化因子的关系。结果如下：①两湖10个样点共扩增条带81，共有带1。桥墩湖五站共扩增条带27，共有带2，15.4％的为特有带而牛山湖五站共扩增条带54，共有带5，无特有带。基于DGGE标记的10采样点聚类结果：N1、N3、N4、N5聚为一大类，Q1、Q2、Q3、Q5聚类后与Q4、N2聚为另一大类。②桥墩湖理化因子聚类结果Q1、Q2、Q3、Q5聚为一类，Q4单独一类，与基于DGGE标记的聚类结果一致。这与水体富营养化，物种较为单一而Q4总磷含量最高有关。牛山湖理化因子聚类结果N3、N4聚为一类，N1、N2、N5聚为一类。基于DGGE标记的聚类分析在此基础上将N1、N2、N5进一步分开。表明DGGE指纹技术可以有效分析自然环境浮游生物群落组成差异；浮游生物群落DNA指纹与水体主要理化因子统计分析结果相吻合。这将为种群动力学和群落生态学研究积累资料，同时也为水资源质量评价提供依据。