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SLP2是变铅青链霉菌(Streptomyces lividans) 66内源的约50kb的接合性线型质粒。pQC542是由SLP2衍生的双功能质粒,带有两个取向正确的端粒,携带有SLP2约23kb的DNA片段。初步的功能分析发现pQC542能够稳定地线性复制和高频接合转移,pQC542去除1个或2个端粒后可以复制成环型结构和接合转移,暗示该DNA片段携带了SLP2上参与环型和线型DNA复制、质粒稳定性和接合转移相关的基因。用鸟枪法对23kb来源于SLP2的片段进行测序,G+C含量为68.3%。读框分析表明这段序列包含25个可能的编码蛋白的开放阅读框架(openreading frames, ORFs),多数ORF的碱基偏好性分析结果表明符合典型链霉菌第1、2、3位密码子的G+C分布。ORF编码的蛋白的比对结果表明,其中3个ORF编码的蛋白在目前的蛋白库中搜索不到同源性,为未知蛋白,5个ORF(A、10、11、21、22)编码的蛋白与蛋白库中的假设蛋白有着很高的保守性。值得注意的是,ORF19编码的蛋白与线型质粒pSLA2中复制相关的蛋白Rep2有同源性,ORF6编码的蛋白与环型质粒pIJ101等的接合转移蛋白Tra有同源性。利用复制子探针载体pQC156对23kb的SLP2片段进行了亚克隆,以鉴定最小基本复制区,结果表明,ORF18和ORF19构成最小的基本复制区(获得的质粒是pXQ20)。其中ORF18中含有许多正向重复和倒转重复序列和一个富含AT的区域。ORF19编码的蛋白与DNA解旋酶有56%的相似性。对pXQ20的初步功能分析表明,来自大肠杆菌的pXQ20对变铅青链霉菌ZX7的转化频率达到3×10~5个转化子/微克DNA,但是pXQ20在ZX7中遗传稳定性只有1%。与SLP2的基本复制区的结构相似,来自娄彻氏链霉菌的17kb线型质粒pSLA2的基本复制区也由两个复制蛋白Rep1和Rep2构成。文献报道,pSLA2的Rep1和Rep2属于同一个转录单位,但是SLP2的反转录PCR(RT-PCR)的实验结果表明,ORF18没有转录,ORF19有转录。另外,SLP2的基本复制区并不位于线型结构的中央。pQC542上携带的来自于SLP2左臂的23kb片段足以介导它在链霉菌中进行高频接合转移。以TK23为受体菌,测得接合转移频率约为60%。对此23kb片段进行亚克隆,选用能在链霉菌中稳定复制但是不具有接合转移功能的载体pQC578,克隆到一个约有8.4kb大小的DNA片段(pXQ102)能够发生高频接合转移(接合转移频率≥10%)。对该DNA片段的序列分析表明,它包含6个转录方向相同的可能ORF。其中,ORF6编码一个Tra样的蛋白,与一些链霉菌的环型质粒的接合转移Tra蛋白相似,在蛋白结构