淫羊藿属是重要的植物类群，在分类上，目前尚没有一个反映类群间亲缘关系的自然的分类系统，而且属内种间关系错综复杂，淫羊藿属是分类学家深感困惑和棘手的植物类群：在经济价值上，淫羊藿是一味使用历史十分悠久的传统中药，而且现代药效十分广泛而显著，一直是药物研究的热点。本论文选择了ITS序列和RAPD带型性状作为分子标识，从反映类群间内在的遗传关系角度来探讨属内系统关系，进行属下类群的划分，以提出一个新的、更为合理和自然的分类系统。 1)测定了淫羊藿属19个种和外类群Vancouveria属2个种的ITS1和ITS2的序列，发现淫羊藿属和Vancouveria属间界限明显，且序列趋异值远远低于淫羊藿属与科内其他属间的关系，二者是近缘的姐妹属。但淫羊藿属内种间序列趋异值很低(范围为0％～2.5％)，不能提供足够的变异位点(信息位点)用于属的系统发育分析，对于几个地理分布异域的大类群关系有一些提示，但支持率较低。存在于淫羊藿属内种间ITS序列趋异值低的原因不能从近起源分化和稍长的生活史方面给予解释。 2)选择了15个随机引物对淫羊藿属32个种(居群)(包括了除Eelatum外的所有重要种类及2个外类群)进行了RAPD扩增条带分析，得到202条信息条带，据此得出邻接树和聚类图。RAPD的结果很好地给出了淫羊藿属大类群间的关系，据RAPD给出的遗传距离可将淫羊藿属分为四个类群：类群Ⅰ；中国种类，类群Ⅱ，地中海地区中花茎上无叶的两个种；类群Ⅲ，地中海地区的另两个种；类群Ⅳ为日本种类：其中类群Ⅰ与其他类群的距离更远一些，类群Ⅲ和类群Ⅳ关系更近。这一结果与ITS序列得出的提示是一致的，与地理分布是密切相关的，在花的形态上也呈现一定的相关性。RAPD研究发现中国类群(类群Ⅰ)内种间遗传距离很小，类群间趋异不明显，对将