基于5个RIL群体的甘蓝型油菜含油量QTL分析

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甘蓝型油菜不仅可以提供人们日常生活中必不可少的食用油,同时也可为燃料、润滑油等工业品的加工提供原料。油菜育种的目标就是提高其产量,而含油量又是其产量的重要考量因素。含油量是受多基因控制的复杂性状,且易受环境影响。至今,含油量性状的遗传机理仍有待发掘。为了研究甘蓝型油菜含油量的遗传机制,以1个高含油量的品种中双11号为共同父本,其他5个含油量相对较低的亲本作为母本,杂交之后,连续自交5代,构建了5个不同的RIL群体(RIL1-RIL5),各群体包含142-183个株系。将5个群体分别种植在5个环境下,考察群体和亲本的含油量。对含油量性状进行遗传分析和QTL定位。得到以下结果:1.5个亲本中,RIL1、RIL2和RIL3的母本与中双11的含油量有显著差异,含油量最低的亲本比中双11含油量低7.79%。15CD环境下各群体的含油量偏低,且有较高的变异系数。2.双因素方差分析结果显示:5个群体的含油量均受环境效应和基因型效应的影响,且都达到极显著水平。对含油量的广义遗传率进行计算,发现5个群体中的含油量广义遗传率都在0.92以上。3.通过对5个RIL群体进行简化基因组测序,我们分别得到了5个群体的遗传连锁图谱,每个图谱所包含的SNP标记数目在4079-5724个之间,图谱长度在1135-2322.05cM之间,平均每0.37cM就有1个标记。4.对5个环境下的各群体含油量进行了QTL定位。我们将LOD值在阈值之上的QTL,定义为显著水平QTL(SL-QTL,significant level QTL)。将统计LOD值在2.5和阈值之间、且在2个及以上环境中能检测到的QTL,定义为微效真实QTL(MR-QTL,micro-real QTL)。5个群体在5个环境中检测到116个SL-QTL和23个MR-QTL,这些QTL被称为identified-QTL。随后,利用软件BioMercator 4.2对置信区间有重叠的QTL进行元分析整合,整合之后得到68个QTL,其中有39个一致性QTL(consensus QTL)。其中,一致性QTL表示的是在2个及以上环境中能共同检测到的QTL。这些QTL分布于A01、A02、A03、A04、A05、A07、A08、A09、A10、C03、C05、C07和C09连锁群上。再通过各QTL的物理置信区间重叠关系,将QTL整合,最终得到13个QTL簇。5.A05连锁群上有1个QTL簇QTL_Cluster.A05-2在5个环境和4个群体中均能被检测到。通过比对到拟南芥中的同源基因功能注释,共找到6个与含油量相关的候选基因。
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