当今，研究与评价科研院所的技术创新能力成为技术创新领域研究的一个热点问题，加强对科研院所技术创新能力的综合评价有利于提高科研院所科研及管理水平，评价指标体系设计的科学合理性显得尤为关键。虽然目前已有一些学者提出了科研院所技术创新能力评价指标体系，但由于科研院所的科研内容和特点不同，再加上时代发展对科研院所的要求也在不断变化，因此科研院所技术创新能力的综合评价指标体系也要与时俱进，适时调整和完善，为科学、合理评价科研院所技术创新能力提供理论指导，从而更有效地促进科研院所技术创新工作不断迈向新台阶。公益类科研院所作为区域技术创新体系建设的重要载体，更是社会事业发展不可或缺的重要力量。基于以上背景，论文在资料搜集与实际调研的基础上，通过对第二次全国科学研究与试验发展(R&D)资源清查中的各指标因素分析，针对公益类科研院所的技术创新能力评价的指标进行研究，探索建立科学的、可操作性强的并对国内公益类科研院所技术创新能力评价具有参考价值的技术创新能力评价指标体系，包括4个一级指标、20个二级指标。与此同时，根据该指标体系的特点运用层次分析法（AHP）对各指标权的权重进行设置，最后利用灰色关联度评价理论建立起公益类科研院所技术创新能力评价模型，以重庆市的22家公益类科研院所为研究样本，对其技术创新能力进行了综合评价，并根据评价结果对重庆市公益类科研院所创新能力现状进行了深入分析，就提高重庆市公益类院所创新能力提出了对策建议。论文的主要的内容安排如下：首先，论文通过介绍公益类科研院所创新能力的研究背景、国内外发展现状以及公益类科研院所创新能力理论的相关文献，为论文研究的指标体系的设计和模型的提出奠定基础。其次，根据文献综述和理论分析，并结合公益类院所创新能力的自身特点，通过对第二次全国科学研究与试验发展(R&D)资源清查中的各指标因素的筛选，结合问卷分析构建一套具有较高可操作性的综合评价指标体系。然后利用灰色关联度评价理论建立起公益类科研院所技术创新能力评价模型最后，在前文所构建的研究模型的基础上，对通过第二次全国科学研究与试验发展(R&D)资源清查表所获得的22家重庆市公益类科研院所的数据进行分析，根据分析结果归纳出重庆市公益类科研院所创新能力发展中所存在的问题及原因，最后提出对策建议。