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该研究应用亲水性、可及性和二级结构预测等5种参数对新城疫LaSota和V4株F蛋白的B细胞抗原表位进行了综合预测;采用Margalit的AMPHI法则等3种预测方案对La Sota、V4株的F蛋白T细胞抗原表位进行了综合预测.预测到二者的F蛋白B细胞抗原表位分别有19个,T细胞抗原表位有24个.比较发现,两个毒株有9个预测的B细胞表位氨基酸序列存在差异,有11个预测的T细胞表位氨基酸序列存在差异.在此预测结果基础上,我们进行了表位的鉴定、筛选和比较研究.首先利用RT-PCR方法扩增并克隆了中国目前使用的NDV La Sota疫苗株F基因全序列,其包含了F基因完整的开放阅读框架(全长1662bp),与国外发表的La Sota疫苗株F基因核苷酸序列同源性高达99.8﹪.将两毒株F基因预测存在差异的表位,根据序列位置邻近合并分成6段表位区,以构建的La Sota疫苗株F基因和该课题保存的V4株F基因为模板,分别对每个毒株的6段表位区进行了亚克隆,构建了每个毒株的6个预测区的表达载体,对每个毒株的5个预测区进行了表达.5段多肽的大小分别是,P1:8.0KD、P2:10.8KD、P4:11.6KD、P5:13.5KD、P6:10.5KD.应用建立的Tricine缓冲体系5﹪-20﹪线性梯度聚丙烯酰胺凝胶蛋白电泳对表达情况进行了分析,证明所表达的肽段主要以包涵体形式存在,并成功地用Ni-NTA胶对其进行了纯化.分别应用自制的La Sota与V4特异性抗血清,利用Western Blot对表达的各肽段(P1-P6)进行了抗原性鉴定.结果P1、P4、P5、P6段呈阳性反应,说明其中含有线性B细胞表位.这4段分别位于F蛋白的1-48aa、201-274aa、377-458aa、469-530aa,以前发现的中和性表位均不在这4段区域内.而P2段在Western Blot中无抗体反应性,表明它不含线性表位.比较研究发现NDV La Sota与V4株的P1、P4区的B细胞表位活性存在着重要的差异,这两段分别存在于F1、F2蛋白上距离融合肽均较近的超螺旋区,这种差异可能造成两个毒株的免疫原性差异.该试验结果首次对NDV La Sota P5与V4株的细胞免疫和抗原表位差异进行了全面系统的比较研究,证实了V4疫苗株激发细胞免疫应答的功能优于La Sota,阐明了两疫苗免疫特点不同的理论基础,并初步证实产生免疫原性差异的分子基础在于抗原表位的不同,为进一步精细的研究两个毒株的抗原表位、找到二者优势抗原表位的差异,以探索二者免疫机制的不同,研制集合两毒株不同优势表位特点的表位DNA疫苗奠定了重要的基础.