小儿先天性心脏病发病率高，治疗费达高达数万。有了医疗保险保后，由于报销比例太低，对很多患儿家庭依然是很大的负担。支付方式是医疗保险制度的核心内容之一,在医疗保险制度中占主导作用,对医疗费用的控制、医疗资源的配置、规范和引导医疗服务提供方的行为有很强的导向作用。　　本文对支付方式和概念进行了界定,对五种常用支付方式的涵义进行了界定,对上海市儿童医学中心对于先天性心脏病治疗的基本状况进行了实证分析，总结儿童先天性心脏病的医疗费用情况和医保费用情况，结果显示实际上由医疗费用的实际报销比例仍较低，患儿家庭依然面临着极大的经济压力，看病贵依然存在。本文随后将上海市儿童重大疾病的支付模式与国内外作对比，总结支付方式的不足之处，提出使用单病种支付模式的建议，为推进单病种付费制度的实施，提出合理收费、改变医院收入结构、缩短住院天数、范医疗服务行为，管理和教育相结合、有效遏制过度医疗行为等近期措施；以及制定单病种临床诊疗规范和配套措施、加强医院内部单病种成本核算管理、健全对医疗服务提供者有效的激励和评价机制、健全医院信息管理系统等远期措施。